事实上，“不臣之心”是一定没有的，不仅彭玉麟自己问心无愧，连曾国藩他也可以打包票的。问题是，“处心积虑，使这支水师成军之后，脱离朝廷监管，不受朝廷节制”，却不是子虚乌有的事儿，这个，彭玉麟可就没法子“问心无愧”了。
只是，他和曾国藩，在这个事情上，有颇不得已的苦衷。
“王爷的责备，玉麟不敢不领，只是……”
彭玉麟微微踌躇，他晓得，接下来的话，出入之间，干系极其重大，一个字都不能说错的。
他正在斟酌字词，关卓凡已摆了摆手，说道：“雪翁，‘责备’二字壁还——我是一点儿这个意思都没有的！彼一时，此一时，彼时竭尽心血，完备制度，哪里想得到此时局面之变化？”
这几句话听在耳中，彭玉麟心头一热，说道：“谢王爷体恤！不过……”
他又一次微微踌躇，关卓凡又一次抢了话头：“不过，我知道，你和曾湘乡，都有不得已的苦衷！”
彭玉麟目光一跳。
关卓凡缓缓说道：“湘军水师，百战功高，顶戴花翎，俯拾皆是，多少人都保到了红顶子？可是，合适的缺分，却是僧多粥少！仗打完了，能够补上实缺的，就那么几个！人都是要吃饭的，这班血水里滚出来的老兄弟，不能不给他们一条出路！不然，空顶着一个虚衔，衣食无着，落魄江湖，咱们在上边的人，固然心下不安，时间长了，他们也必生怨望，滋生事端！”
这一段话，真正叫“切中肯綮”。
长江水师，脱胎于湘军水师。而长江水师之设，最重要的目的之一，就是安置湘军水师的“有功员弁”。
湘军和太平军的战斗，基本上都发生在长江流域，长江成为双方彼此攻伐的最重要的战略通道，谁能控制长江水道，谁就能取得战略优势，并最终获得战争的胜利。在某种意义上，在湘军和太平军的战争中，水师比陆师更加重要。
负责组建、管领水师的彭玉麟，一直在曾国藩麾下作战，却最终和曾国藩齐名，原因就在这里。
在这个大背景下，湘军水师迅速成长壮大起来。当时，整个长江水道，由西到东，由南至北，官军战船，无不悬挂湘军旗帜。
这个情况，终于引起了某些满洲亲贵的不安。官文就曾上折，建议朝廷，在绿营的编制底下，设立经略长江水道的“水师专营”，以替代湘军水师。
这自然是行不通的。绿营如果堪用，哪里会出来“湘军”这样东东？
官文没有想到的是，他的奏折，不但让曾国藩警惕起来：必须未雨绸缪了；同时，也给了曾国藩对应的灵感。
不久之后，曾国藩奏请设立“长江水师”。表面上，他好像在附和官文的建议，内里却刚好相反：官文是想另行组建一支水师来取代湘军水师，曾国藩却声称“利器不宜浪抛，劲旅不宜裁撤”，新组建的长江水师，应以湘军水师为班底。
其实就是湘军水师换块牌子罢了。
新组建的“长江水师”，是朝廷的“经制”部队，就是说，打完了仗，也不必裁撤的。
这样，战争结束后，湘军水师的“有功员弁”就有地方安置了。
为了保证这个目的之达成，曾国藩、彭玉麟拟的长江水师将弁任用制度，近乎荒唐：长江水师的副将、参将、游击出缺，其中七成，要从长江水师将弁中题补，剩余三成，才由兵部选派。都司以下出缺，则全部由长江水师提督从长江水师人员中遴选。
前文提到，长江水师提督独立于沿江各省督抚，并和“本境督抚”一起，对长江水师各职官实施“双重领导”——这样，名义上就对朝廷