连。东部有九州山地，从山地流出白川、绿川以及被称为日本三大激流之一的球磨川。
下游地区有熊本、八代平原，白川、绿川和球磨川，注入岛原湾、八代海（不知火海）。
八代海以西有天岛诸岛。
也有人别称熊本县为“火之国”，其原因有三。
一是因为世界上最大的重叠式活火山——阿苏山就在熊本县。
它由五十多座火山先后喷发叠加而成，造成了外围山群和核心山岳，堪称世界罕见的奇观，其中最大的火山口——中岳火口。
阿苏山的中心五岳——中岳、高岳、根子岳、杆岛岳和乌帽子岳，点缀在周长为128公里的外围山脉中，青翠的大草原映衬着缕缕白烟。
另一个原因是出现在明海上的神秘火光。
传说日本景行天皇为了扑灭豪族“熊袭”而来到熊本县时，暗夜里靠着出现在海上的火得以安全靠岸，不知名的火到了秋天的晚上便会出现在八代海（有明海）上。
第三个原因是传说崇神天皇时有土蜘蛛打猴、颈猴二人，率徒众一百八十余人聚于益城郡朝来名峰。
天皇于是便派遣健绪组率众诛灭贼众。消灭后健绪组又于国内进行巡察及查探消息。当他们来到八代郡白发山时，因天色已晚便在当地止宿；但夜里的天空突然有自然而生的火焰，并徐徐降到此山上燃烧，令他们一行人大感惊讶。
健绪组将这奇怪的事上告天皇，天皇也因此将此地名为“火国”。
熊本县由于气候温暖、水源充足、丘陵宽广，早在2万8千年前就有人类开始居住。熊本县内曾多处发现了旧石器与绳文时代的遗迹。从弥生时代起，熊本人就开始了水稻种植。在熊本县内各地还发现了青铜器与铁器，熊本县的天水町出土了日本最古老的铁斧。由此可见，弥生文化曾经繁盛一时。
在古坟时代的公元4世纪中，宇土半岛深处就有人建造前呈方形后呈圆形的坟墓，之后传及全县各地，被称为“火之君”的豪族享权一时。
从熊本县菊水町的江田船山古坟中的出土文物即可看出，在公元6、7世纪（古坟时代末期），已有某些豪族开始对外进行交流。一些被称为“装饰古坟”的墓壁上有绘画及文字，而另一些古坟则在墓前竖立石人与石制品，风格独特的古坟相当风靡。
公元527年，筑紫国（福冈县）的统治者磐井发起的叛乱，被日本中央政府镇压。之后中央政府就在日本全国各地指定了政府的直辖土地，并将土地命名为“屯仓”，同时将屯仓制度列入日本全国政治体制之中。
公元7世纪末至9世纪初（律令时代），富饶的熊本县在九州岛当中成为唯一的大国。在8世纪编纂的短歌集“万叶集”中，有歌颂熊本风土人情的诗篇。
8世纪末至12世纪末，进入平安时代之后，肥后国（熊本县）被划分为14个郡及下属99个乡。在庄园最盛行的时期，肥后建起了“阿苏”、“鹿子木、”、“山鹿”等10个大庄园，武士团便由此而生并日趋活跃。
公元12世纪末，到了镰仓时代，日本中央政府任命武士们担任地方首长及庄园主，由此，“阿苏氏族”、“菊池氏族”及“小代氏族”在各地壮大了其权势。
与此同时，镰仓诸侯的亲信“相良氏族”又统治了球磨地区，并将佛教文化在球磨地区进行了普及。
到了南北朝时期，九州受中央权利斗争的影响分成了对立的两大派系。由于菊池氏族的势力逐渐强大，使得阿苏、名和、相良等氏族也不得不努力壮大队伍。
但到了室町末期，在菊池氏族的势力衰退后，丰后（大分县）的“大