于保下了这些官员。
林延潮奏章一上，本是磨磨蹭蹭一个月多的三法司会审官员立即精神抖擞，马上有了结论。归德府知府，同知为首犯，但河道衙门，及其余官员虽有失职之处，却并非大罪。
于是天子召三辅臣议事，最后商议此案。
当时议论经过外人不得而知，只是后世申时行所撰的文章中窥得一丝半点。
天子召三辅臣至乾清宫暖阁问道：“河南大灾，小民不得安生，其罪乃关于吏弊，或是朕德不修？”
申时行对道，臣等窃见近年以来，并非河南一地，各处奏报灾伤，如陕西亢旱、江南大水、江北又有蝗虫。但河南黄河冲决，委的灾伤重大。皇上圣德方隆，岂宜有此？这是臣等奉职无状所致。臣等自当痛加修省外，整治吏弊。”
天子容色稍宽曰：“丘橓参劾河道官员贪墨，不恤百姓。这些官员当如何处置？”
申时行对道：有司为民父母，若是贪赃坏法，百姓不得安生，自当问责有司。臣有等一得之愚，眼下河南百姓于水深火热之中，严惩贪官污吏并非治本之道，若要救百姓，平息民怒在于蠲免赈济。”
天子道：“太后说憨山大师有言，朕即位以来，虽是天下太平，但对官员惩罚不免太重，昔日张江陵之案，因言官弹劾不休，牵涉太多官员，官员们人心惶惶，以至朝纲动摇，故而天下才有这么多灾害。朕反思再三，打算恩抚天下。”
申时行道：“圣见高明，深切时弊。臣等不胜仰服。容臣等撰拟手敕，上请圣裁施行。”
天子道：“可。”
于是申时行退下后拟旨，天子御览后昭告天下。
谋害御史吕毓昌的三位奴仆，伪造假证的仵作等一律秋后问斩。
指使杀人的原归德府同知，勒令自尽。
包庇纵容的归德府知府籍没家财，刺配流放辽东，遇赦不赦。
右布政使董汝汉调广东右布政使。
河道总督李子华等其余官员尽数罚俸。
被杀御史吕毓昌追赠参政衔，以三品官之礼下葬，朝廷于其家乡表彰其忠节。
丘橓破案有功，增俸一秩，林延潮禀案情有功，赐银百两。
最后天子重申，不许言官再拿张居正案说事，御史李植，江东之，羊立可等尽罚俸一年。
但官员得得失失，并非如此简单，这一次申时行与言道的交锋，最后言道败北，申时行大获全胜。申时行保住了相位，赢得天子信任，并博得宽大之名。
而丘橓虽被天子嘉奖，但遭众官员弹劾下，清名尽毁，向天子请求辞官。
天子准予致仕。