着儿子过了一年多被休弃的日子，住在小木屋里自己煮饭吃。
关于私藏金银，她为了给亲生儿女奠定经济基础，暗下把家中的银两、绸缎、首饰及古玩等物，分别藏匿在大儿子阿济格和乌拉城娘家家中。努尔哈赤先是派大臣额尔德尼等四人抄了阿济格的家，后又到乌拉城抄了娘家，索回了全部私藏财物。为了惩罚，努尔哈赤给阿巴亥制定了约法三章：一是不准她再与任何人来往，二是不准她听信谗言，三是暂与她隔房。
阿巴亥失宠，告发有功的庶妃德因泽和阿济根的地位迅速上升。然而，阿巴亥毕竟是阿巴亥，史书记载她“嫉妒、有机变”并非空穴来风，努尔哈赤占领辽阳之后，立即做出了一个重要决定，就是召回离异了一年的阿巴亥，将其重新立为大妃。由此可见，努尔哈赤仍旧对她有留念，他需要她为自己的事业助阵。
阿巴亥复出后，历史上关于众福晋活动的笔墨也开始出现。努尔哈赤的女人们逐渐从闺阁走上政殿，从京城走向野外，她们不再是帝王的附庸，开始有组织地从事一些政务，比如出席东京城的奠基典礼，奔赴广宁前线慰问，随大汗为垦地开边出行等，这一切与众妃之首阿巴亥的作用息息相关。
后金天命十一年(1626年)正月，68岁的努尔哈赤亲率13万大军攻打由明朝重将袁崇焕镇守的宁远城(今辽宁省兴城市)，因身受重伤，大败而归。伤势稍好后，又亲率大军出征蒙古，半个月后胜利回师，不久因病势加重住在清河温泉处疗养。努尔哈赤自知大限已到，命人去请大福晋阿巴亥乘船由太子河顺流而下，到浑河见面。阿巴亥从命后，从今日沈阳市乘船溯河相迎，最后相会于瑷鸡堡(今沈阳市于洪区埃金乡所在地)，两人商讨了关于代善辅政、多尔衮继位等秘事。几天后，努尔哈赤因毒疮突然发作，医治无效，与世长辞。
但接下来缤纷缭绕、瞬息万变的时局，就不是阿巴亥这样一位孤单的弱女子可以左右的了。努尔哈赤尸骨未寒，年仅25岁的皇太极就抓住时机，乘乱率几位大贝勒闯入阿巴亥的后宫，传达所谓的“帝遗言”，强迫阿巴亥从先帝之命而殉葬。皇太极再清楚不过，治死阿巴亥，既可以牵制代善，又可以控制她的三个儿子。阿巴亥坚决不从，但又如何能够抵挡住膨胀到极限的图谋继位的野心。次日清晨，阿巴亥在巨愤之下，按照古人传下来的殉葬规矩，用弓弦扣环的办法自缢。就这样，阿巴亥成为这场宫廷政治斗争的牺牲品。与她一道从殉的，还有那位告发她的蒙古人德因泽和阿济根两个妃子。其中包括那位德因泽。这也许是皇太极卸磨杀驴，又或者叫杀人灭口。
1650年8月，重权在身的多尔衮为生母阿巴亥追封为“孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后”之号，一并将牌位放置在太庙之中，算是为冤死的母亲平反昭雪。然而，仅仅四个月过后，多尔衮病。逝，顺治皇帝毅然将阿巴亥的封号一笔勾销，其神牌也从太庙撤出，从此修史者不再提及有关阿巴亥。
人物评价
《太祖武皇帝实录》：饶丰姿，然心怀嫉妒，每致帝不悦，虽有机变，终为帝之明所制。
史籍记载
大妃，纳喇氏，乌喇贝勒满泰女。岁辛丑，归太祖，年十二。孝慈皇后崩，立为大妃。天命十一年七月，太祖有疾，浴於汤泉。八月，疾大渐，乘舟自太子河还，召大妃出迎，入浑河。庚戌，舟次叆鸡堡，上崩。辛亥，大妃殉焉，年三十七。同殉者，二庶妃。妃子三：阿济格、多尔衮、多铎。顺治初，多尔衮摄政，七年，上谥孝烈恭敏献哲仁和赞天俪圣武皇后，祔太庙。八年，多尔衮得罪，罢谥，出庙。