顺利，恩里克继位后，她同母亲、弟弟阿方索搬到阿雷瓦洛一个幽闭的城堡里居住。其母(与女同名，也叫伊莎贝尔)患有精神病，时而发作。但这并不影响伊莎贝尔受到来自萨拉曼卡大学的老师们的良好教育。1468年，对恩里克四世不满的贵族们拥立阿方索为王，一场兄弟阋墙的内战由此开始，不久阿方索突然死去，反对恩里克四世的贵族又抬出了伊莎贝尔公主来继续与之对抗。最后双方终于达成和议，停止内战，全体贵族都必须宣誓效忠恩里克四世，伊莎贝尔公主则成为王位继承人，但规定她的婚事必须得到王兄的批准。
十分有心计的伊莎贝尔公主派亲信侍从到各国去私访年轻王子。反馈回来的结论是，阿拉贡王子斐迪南品貌出众、英勇善战。伊莎贝尔便与斐迪南通信往来，最后终于私定终身。但恩里克四世却要把她嫁给葡萄牙鳏居的国王阿丰索五世，企图把伊莎贝尔抓起来。于是，1469年，伊莎贝尔迅速同斐迪南王子订婚，然后借助阿拉贡的军队武力反抗王兄的干涉。这段看来像戏剧的风流韵事，最终成全了西班牙作为一个国家的统一。
恩里克四世以伊莎贝尔不遵守协议为由，剥夺了她的继承权，改立他自己的女儿胡安娜，但由于恩里克有性无能之名，多数贵族均认为胡安娜的血统存在疑问。1474年，恩里克死，伊莎贝尔和胡安娜均宣布自己继位，她们分别借助夫家阿拉贡和葡萄牙的力量，得到国内一部分贵族的支持。经过4年战争，葡萄牙军队被击败，伊莎贝尔终于坐稳了王位。1479年，斐迪南也继承了阿拉贡王位，两国王室联姻形成统一王权，成为欧洲最早的集权共主联邦。(但两国仍然维持各自独立的议会、法律和税制)。
伊莎贝尔由患有精神病的王后所生，而她的女儿中也有“疯女“胡安娜，但她本人却思维敏捷，意志坚强。她与斐迪南共为国王，是强强联合的典型。国内的反对派贵族大多已在内战中被清除，这使伊莎贝尔可以顺利地加强中央集权。她将市长委任权收归国王所有，设立神圣兄弟会武装控制市政生活，使议会行同虚设，摧毁贵族的城堡，没收贵族在恩里克四世时代所得的王室领地等，并以对格林纳达用兵为由，维持了一支强大的常备军。西班牙的王权达到前所未有的程度。
西班牙的11世纪以来的历史就是基督教王公不断向伊斯兰小王国夺取地盘的历史，史称“再征服运动“，到了伊莎贝尔时代，穆 斯林在西班牙只剩下最南端的最后据点-格拉纳达王国。历史将这个荣誉交给了伊莎贝尔夫妇，1490年两位国王亲率大军压境，斐迪南二世在前线搏杀，伊莎贝尔则居中调度，并负责后勤供应，还建立了战地医院。1492年，经过8个月的围困，格林纳达弹尽粮绝，末代国王巴拉迪尔出降，半岛终于统一在基督的庇护之下。这一天，欧洲所有天主教教堂钟声长鸣。
伊莎贝尔一生勤政，她的五个孩子全部在旅途中出生。她可能有洁癖，总是穿一身白色的衣服，以“白衣女王“而闻名。
作为一对虔诚的天主教夫妻国王，他们对境内的异教徒，包括犹太人和穆斯 林进行了迫害，并成立了宗教裁判所。就在1492年，20万拥有财富和技术的犹太人被驱逐出境，10年后摩尔人遭到了相同的命运。这也许是中世纪所有虔诚国王共有的缺憾，他们在天主教世界中得到广泛尊敬，却心安理得地对异教徒犯下了罪行。他们的宗教政策被后继者们延续下去，在卡洛斯一世和腓力二世时代达到极点。在宗教审判制度下，西班牙失去了灵气，逐渐变成一个死气沉沉的角落(而与此同时，绚烂的文艺复兴运动正在其它欧洲国家蔓延)。
资助哥伦布
“为了某些理由和目的，我们派遣高贵的克里斯托瓦尔·哥伦布率领三条装备良好的帆船，携带一些礼物飘洋过海，走向印