马氏灭门之后，朝廷很快就将重心放在了平叛之上，并为平叛制定了计划。
陇右知府李渊、山南知府朱元璋、江南知府孙坚，三方势力负责在南方镇压黄巾起义，此外，王莽还派出了巨毋霸领军五千前去支援梁林梁方，刘贤、刘笃、刘通三位皇子也将领军前往剑南平叛。
而河北知府赵匡胤，则负责剿灭李自成叛军，刘义刘礼也将带着自己的大军前往河南平叛，吕布的飞熊军也将奔赴河南，王莽也派苏献领军三千前去支援王显王林王伦。
定下计划之后，命令很快就下达了，李渊等人接到旨意之后，很快便为出征做起了准备。
首先做好准备的是孙坚，陇右、河北、山南三洲都与叛军势力接壤，他们在出征的同时，必须做好自己辖地的防御工作，而要从江南到剑南，必须要渡江，根据情报显示，黄巾军目前还并无水军，所以暂时还打不到江南洲境内，孙坚要做的防御工作相对而言会少一点，准备的自然也就更快。
最终，孙坚让自己的三个儿子孙翊、孙匡、孙朗留守长沙郡，并让孙策的亲信张昭负责处理江南洲的大小事务，并留下了总兵殷辛（对，就是纣王）四大参将之中的鲁肃，吕蒙、陆逊、协助镇守江南洲。
而孙坚自己，则带着另外两个儿子孙策孙权，四大参将之首周瑜，大将程普，黄盖，韩当，祖茂，蒋钦，周泰，陈武，董袭，凌操等人在清源郡登船，沿江向剑南洲的云南郡驶去。
第二个做好准备的是朱元璋，他让长子朱标和孙子朱厚熜留守南阳郡并处理事务，徐达，常遇春二人负责守城，大将汤和李文忠等人协助镇守山南洲。
而朱元璋自己，则带着次子朱棣，孙子朱祁镇，朱厚照，军师李善长，族人朱由检，朱由校，朱高煦，参将冯胜，胡大海，大将常茂，朱文正，耿炳文，张玉，朱能，等人向着剑南洲进发。
第三个做好准备的是李渊，和其他知府不同，他选择了自己留守，让儿子出去打仗，他负责处理政务，总兵罗艺负责守城，长孙无忌协助李渊处理政务，四大参将马三保，段志玄，刘弘基，殷开山人协助守城。
而李渊之子李建成，李世民，李元吉，与女儿李秀宁都领军前去平叛，随行平叛的将领有罗成，薛万彻，张公瑾，史大奈，李道宗等人，以及李世民的舅舅窦建德及其手下。
至于李元霸，李世民等人都还没有发现他的真正实力，他们担心李元霸上了战场会被伤到，所以决定继续将他锁在笼子里。
最后就是赵匡胤了，他之所以最后才准备好，主要就是因为他在确定留守人员时耽误了太多时间。
赵匡胤武功高强，想要亲自领军平叛，他本来想让弟弟赵光义留守邺郡，但赵光义却表示自己熟读兵书，到了战场之上定可大放异彩，坚持要跟着赵匡胤上战场，赵匡胤看赵光义这么自信，也不好拒绝。
目前赵匡胤正值壮年，儿子赵德芳刚三个月，走路还不会，更别提留守了。
无奈之下，赵匡胤千挑万选，终于找到了赵家族人赵眘，让他留守河北洲，并令总兵石守信，参将高怀德，王全斌协助防守。
之后，赵匡胤亲自出征，赵光义跟随，赵普为军师，参将曹彬，潘美，大将陆文龙，陆登，王审琦，荆嗣，符彦卿，赵构等将随行，大军浩浩荡荡地朝着河南洲杀去。
京城这边，几路援军也一起出动。
刘贤，刘笃，刘通将走宁朔郡一路，从陇右洲经过，进入剑南洲，而巨毋霸则将走榆林郡一路，从山南洲经过，进入剑南洲。
吕布和苏献将走延安郡一路，进入河南，但进入河南之后，两支队伍就将分开，苏献去支援钟离郡，而吕布则去夺回济南郡。
而刘义和刘礼的大军则将走平凉郡一路进入