向幕府亲兵大营进行了白刃战，久经操练的“奇兵队”队员本就是身强力壮的长州藩武士，势不可挡，幕府军无法抵御“奇兵队”的夜袭，而后，其余的长州藩兵一拥而上，将幕府亲兵击溃，幕府亲兵在小粟忠顺的带领下，连夜逃往淀城。
而另一条战线，鸟羽以东不远的伏见，这座京都南边十余里的小镇的东南边一处叫奉行所的堡垒处，幕府一方的会津藩兵和桑名藩兵，也在桑名藩主的率领下，向驻守在这里的四国藩兵和其他倒幕藩兵发起了进攻。四国藩与其他倒幕藩兵也都是刀剑甲胄和弓箭等冷兵器为主，于是乎，双方进行了殊死战斗，死伤惨重。
幕府的会津藩和桑名藩联军多次冲击奉行所，并花费巨大的代价一度占领奉行所和堡垒所在的桃山，但均被四国藩及其他倒幕藩兵击退。双方在桃山山坡上进行了惨烈的白刃战，夜幕中数千人死伤，双方一直战斗到深夜，还胜负难分。
正在这时，伏见那边战事的消息传来，说是幕府亲兵和先锋主将小粟忠顺都被击败，退守淀城，顿时，得知消息的幕府联军一下便丧失了战意，顾不得抵抗，兵败如山倒，连忙也跟着退往淀城。
次日，新政府太政大臣兼总裁毛利敬亲命令议定栖川宫炽仁亲王为征讨大将军，率领二条城内的预备队三千人，征讨幕府军队。中午时分，炽仁亲王手捧天皇御赐的锦旗和节刀来到东寺的讨幕军大营，讨幕军士气为之大振，三路讨幕军合兵一处，乘胜展开追击。
而幕府的两路败军逃到淀城外，却发现，原本是幕府嫡系的淀城守将，竟然断然拒绝幕府军入城，幕府军主将小粟忠顺意识到大事不妙，绕城而走，逃往大阪。而随后而来的讨幕大军抵达淀城，淀城守将下令开城欢迎倒幕的长州、四国藩兵。
二日后，新天皇在岩仓具视和高杉晋作等人的操纵下，宣布新立年号为“明治”，又紧接着下达了“征讨家茂令”和“幕府领地今年明年租税减半”。宣布撤掉德川家茂的一切职务，剥夺会津、桑名等顽固佐幕派藩主的领地和官职，宣布将旧幕府所有领地列为新政府的领地。而“幕府领地今年租税减半”，则让幕府领地上的百姓彻底倒向新政府，拥护新天皇。
做完这些之后，高杉晋作又提议，以天皇的名义，派出使者去长崎，向那里的九州藩藩主锅岛玄瑞以及他背后的中华帝国代表林鸿年和罗森递交国书，希望能获得中华帝国的支持与承认。当然，若是对方提出什么要求，只要不是太过苛刻，也都是可以答应下来。
同时，为了以防万一，天皇还还同时派出使者，向驻扎在长崎的法国大使馆、美国大使馆、普鲁士大使馆和荷兰大使馆等西洋诸国递交国书，博取列强的同情，至少不要让对方支持江户的幕府。
做完这些之后，小天皇任命有栖川宫炽仁亲王为东征大总督，桂小五郎为副将，率领大军继续出征，攻往大阪。
炽仁亲王率领的讨幕大军三万余人，高竖天皇大旗，迎风招展。在从淀城通往大阪的路上，沿途百姓，男女老少挑着吃食坐等路旁，合手礼拜，热情犒劳讨幕大军，租税减半的政策显现出强大的效果和作用，士气高昂。
幕府军队中，除了会津藩兵和桑名藩兵剩下的五千人不到准备坚守大阪城，其余的近一万三千余名幕府亲兵见讨幕军过于强大，情知守不住大阪城，便直接下令做好撤退准备，将大阪城中储藏的黄金共18万两，搬上战船，剩余的近百万两白银直接让人掩埋，想从海路退回江户。
正在这时，江户从海路传来消息，征夷大将军德川家茂任命幕府的老中板仓胜静亲自率领重新组织的4万幕府联军，乘坐军舰和运兵船抵达大阪。而且，德川家茂还根据《日中友好通商条约》中的内容，依照“遭受叛乱或是外