太平圣军，与洪杨两人的太平军既有区别，又未彻底撕破脸面，底下将士亦能接受。这样有助于他彻底掌管这只队伍，不受洪杨两人干扰。而且，满清会以为太平圣军只是太平军的一个分支，注意力，还是会集中在太平军主力身上，这样也会减轻圣军的压力。
冯绍光也是知道，他带出的太平军将士大多都是他原来的老教众，改良教义、换个称呼，不会有人反对；而新入乡民会党，都是生活所迫，反抗清廷，从众心理，才找他这个平台，更不会关心他是否与洪杨的太平天国脱离关系。至于个别暗藏军中的天王、东王等暗探，如今自己势力初成，已不足为虑了。
作为后世穿越者，冯绍光深知，一支军队要想战无不胜，最根本的就是将士，要有奋不顾身不怕死的精神。而太平天国初期，太平军信仰上帝，认为战死也不过是提早上天堂去拜见上帝，故而每战皆不退缩，以至于清军认为“太平贼兵皆吃药，悍不畏死，伤十数处仍不觉痛，拼死不退，不可敌！”
由此，冯绍光准备将套用后世无敌军的方式进行改编，再加上用宗教思想来武装部队。保证自己对军队的绝对掌控，确立了“圣王指挥圣教，圣教指挥各级军队”的基本原则。这样的军队，战斗力必定不可小视。
主要通过在“圣军中每卒必须建立圣教小组，维护士兵利益，对一卒将士思想传教。”“官兵人格平等，不准随意打骂兵士”等一套治军方略，来提高冯绍光对太平圣军的控制力，加强圣军对士兵的凝聚力，将各级将士紧密团结起来，爆发强大战斗力。
圣军编制仍旧大部分采用原有太平军编制，其实本就是原来的冯云山一手构想和建立的。
五人为伍，伍长管冲锋、破敌、制胜、奏捷四伍卒，均为战兵。
五伍为两，两司马管刚强、勇敢、雄猛、果毅、威武五伍长，两司马均兼任刚强伍长，勇敢伍长兼任副两司马，计25人。
四两为卒，卒长兼圣教教员，管东、西、南、北这四个两司马，再配以1名专职圣教副教员，1名副卒长，1名书使，计104人。
五卒为旅，旅帅兼圣教教司，管壹、贰、叁、肆、伍这五个卒长，再配以1名专职圣教副教司，1名协理（职同副旅帅），2名书理，计525人；
五旅为师，师帅兼圣教教师，管前营、后营、右营、左营、中营五旅帅，再配以1名专职圣教副教师，1名协理（职同副师帅），1名师尉，1名书理，计2630人；
五师为军，军帅兼圣教教长，管前营、后营、左营、右营、中营五师帅，再配以1名专职圣教副教长，2名协理（职同副军帅），3名军尉，3名书理，计13160人。
军帅之上，有监军、总制、将军、指挥、检点、丞相、军师，对应圣教职位只设立教监、主教，统归圣教圣王节制。