因此，刘长清率领左江镇直属本标的左营四百余名清兵和百余名亲卫，从城内绕道先去了驻守箭道的新太协的馗纛营和上思营，调动两营一千清兵跟随自己突围。最后来到到西门，命令守城的清军开门。守将乃是南宁城守营的都司，属德亮一系，不肯开门，刘长清大怒，命亲卫上前一刀将那都司砍死。又拉了几十名守兵跟随自己，出了西城门。趁着夜幕，以折损了二百余人为代价，冲出太平圣军的包围，然便自行快马加鞭，让亲卫率领清兵跟随后面，一路绕过新宁州等州县治所，逃往太平府，直奔新太协龙凭营的堂侄那边。
刘长清将三营兵力带走，整个南宁城便只剩下左江镇本标的中营、右营和浔州协右营和南宁城守营这四营兵力共一千五百人，剩下便是附近团练乡勇三千五百余人，并无多少战力，加上夜里南宁城中乱成一片，如何能抵挡？
罗琼树率五千圣兵进了城门不久，变遇到过来支援的浔州协右营，浔州协游击还未来得及下令，便被前排鸟枪手排枪打下马来，其余清兵发喊一声便四散逃窜，罗琼树命一千圣兵追击，自领四千圣兵包围了知府衙门，带人冲了进去。
南宁知府黄辅相率百余城守兵在知府衙门内与罗琼树等人展开激战，竟悍不畏死，以知府之身行武将之事。无奈罗琼树率领的圣兵太多，放弃与之短兵相接，直接以鸟枪远远便开枪。黄辅相身边清兵乡勇慢慢变少，他本人也两腿都被鸟枪击中，见太平圣兵将他包围，大骂几声贼匪后便自尽而亡。罗琼树被骂了几句，心头火起，命牌刀手将黄辅相首级割下，悬于南宁城东门外的官道旁示众三日，又将尸体沉入邕江之中。
不久，西城门也被攻破，李开芳率领二万圣兵冲入西门，在如洪流般的进城圣军面前，南宁城中的清兵和三千团练便迅速土崩瓦解。由于两处城门被圣军包围，除了千余清兵和乡勇在总兵德亮和几名守备千总的带领下，拼死抵抗都被乱枪打死外，其余清兵和团练都弃兵器投降。
广西南宁城宣告被太平圣国攻占。南宁城中远没有桂林城富饶，银两和火器等缴获亦不多，有的只是些冷兵器，让原本一脸兴奋的李开芳和罗琼树扫兴不小。
不过，起码南宁城中人口还是不少，罗琼树问了下被俘虏的知府衙役，说是竟然有5万余人，跟桂林城的人口不相上下了，到也算是太平军中占领的大城了。另外还盛产蔗糖，看官仓中收缴的堆积如山的糖料，倒是让李罗两人稍微有点好心情。
却说陈永秀率城内的众位兄弟，都深感太平圣军的实力强大，自己的堂口实在无法与之相比，更在罗四的劝说下，便都投了圣军。但陈永秀又放心不下南宁城外的“公义堂”兄弟，便向罗琼树请求，回去劝说众位堂主和堂中的兄弟一起来投。
罗琼树见他放心不下会中兄弟，又是要劝人来投，便让罗三带两名弟兄，随他一道去联络这南宁府附近最大的一处天地会反清势力。