时间回到农历正月中旬，太平军在先锋大将秦日纲、胡以晄等人的率领下，一路长驱直入，连克安幑池州、铜陵、芜湖、太平府及和州等地，正月十九日便抵达江宁城外。
杀红了眼的太平军，陆路沿长江两岸，抵达江宁西南善桥一带，水路从大胜关至草鞋峡一带，第二天便迅速出兵占领浦口，包围了江宁城。
两江总督陆建瀛闻讯，惊慌失措，忙将所有的城外清军兵勇悉数撤入江宁城中，企图固守。
由于清军的长江水师已全被太平军水师消灭干净，两江总督陆建瀛不得已，放弃了长江江面的防守，为了牢牢地地将江宁城守住，他昏庸地放弃了城外天险防守之地，甚至连雨花台炮台这样的防守重地也放弃，撤走躲入城内的清军纷纷尽弃火炮、弹药和辎重，逃回城内，一时间城外要地竟无兵把守。
并且，陆建瀛为了防止百姓逃走和内应打开城门，不但下令将各城门紧闭，还命民夫将所有城门均用土袋塞上堵死。这下，所有清兵全被龟缩在南京城内，彻底被团团围困。
这也不能全怪陆建瀛的昏庸，而是江宁城中清军兵力太过薄弱。
城内的清军旗兵和绿营兵一共才六千人不到，还有陆建瀛早前临时募集的团练壮勇一万余人。看起来有二万多守军，但实际上还是远远不够。
要知道，江宁城一共十三座大城门，整个江宁城周一圈近80里，垛口1.6万余个，守垣兵力需求很大，即便用最少的兵力防守，一个墙垛垛口派一名清兵，也需要一万六千人。
迫不得已，陆建瀛在太平军前锋抵达江宁境内的时候，便派人紧急向朝廷求救。清廷获悉江宁被围后，紧急封率军一路追赶太平军的向荣为钦差，会同原钦差大臣琦善，两人各率手下清军，分南北两路，日夜兼程，赶赴江宁救援。
见江宁被围，援兵一时半会不会赶到，陆建瀛觉得兵力不够，便命被撤职在江宁城中赋闲的原广西巡抚邹鸣鹤，在城内创办筹防局，又饬令城内各位乡绅募捐银两，出资大肆招募勇营充数，筹划协助守城。
城内民壮百姓不愿打仗送死，邹鸣鹤规定每人每日给一钱银子，登城加1倍，甚至呐喊也有50文铜钱，因为只要守城，不用出战，许多城内的游民无赖、地痞流氓之人均去报名。
另外，身为帝师的陆建瀛，为防守好自己的老巢，将城内的大炮全部调集到城头，城上安设大炮270余门。
整个江宁城防守指挥由两江总督陆建瀛和江宁将军祥厚两人负责。
陆建瀛率绿营主力集结于南面防御，江宁将军祥厚率领满旗兵，在东面驻守各门，另在城内保持千余旗兵为预备队，随时救援。其余雇募的上万名乡勇，由邹鸣鹤和布政使祁宿藻两人带领，分布城内各城门四处，以壮声势。
围住江宁城后，先锋大军指挥秦日纲并未派人立刻攻城，只是先抢占城外雨花台等有利地形。
虽未攻城，城内的清军却如临大敌。守城清军，特别是绿营兵，十分恐惧，屡屡滥放火炮为自己壮胆。
聚宝门清军未见一名太平军，却大小炮叠放不止，日费火药数千斤，布政使祁宿藻再三阻止，却仍然禁止，城楼上的火炮手双手颤抖着，不自觉地放炮，也不知道是想吓退城外的长毛，还是吓退自己的恐惧。
正月二十的凌晨，秦日纲终于派了三千太平军进至城外聚宝门外的街巷，准备架设大炮轰城，总督陆建瀛得知后，不顾祁宿藻劝阻，下令开炮轰击，直至黎明，弹药消耗殆尽。
见清军的聚宝门城楼上火炮不再响起，太平军趁机发动攻势，奔过吊桥，冲过秦淮河，直到城门之下，用火烧城门。清军慌乱之际，祁宿藻连忙命