时在黄埔军校先只是先行开设6军军官课程。
尔后，圣王冯云山宣布，他亲自兼任黄埔军校校长兼复兴会代表。任命李善兰为常务副校长，负责军校的实际教学组织；许祥光为兼职副校长，负责学校的后勤等琐事。
又任命讨虏军总后勤部的作训处副处长崔大同兼任教导部主任，调任白晖怀任政治部主任，其余人等以后再慢慢配置。
冯云山将总参谋部的那几名英国军官，调3名已经能说粤语的，至黄埔军校充当教官，教授英国近代士兵军事技能。其余军事教官分批由作战经验丰富的讨虏军各营、团长临时兼任。又从最近操练中脱颖而出、成为练兵标兵的二名甲九师将士，升为操练教官，调至黄埔军校。
由于教官也不多，加上编制的教材也只是个《讨虏军操练手册》和《纪效新书》和《练兵实纪》等一些历史兵法兵书。冯云山只得暂时准备在黄埔军校开始步兵、炮兵、工兵、辎重、侦查、政治、救护等几个专业兵种的科目。
冯云山感觉教材实在是太少，想起后世黄埔军校的教材，采用的是袁大头编制的中华第一部《步兵操典》的军校教材，于是，冯云山又召集总参谋部，赶着编制了一部融合诸多兵法，再结合讨虏军编制的《战术学》。
又让刘胜邦口述，许祥光动笔，加上冯云山他自己的一些知道的后世刺探情报、间谍、刺杀等手段编成一本粗浅的《侦查学》。还准备让即将赶到的黄益芸，会同广州城内的西洋传教士哈巴安德医生和他的学生何敬文，一起编制《救护学》，教导学员如何做好受伤士兵的救助和急救，减少受伤将士的死亡。
又将火炮、洋枪、火箭火罐等武器的使用着手，编写了一本《兵器学》；结合沙盘和两广地形，编制了《地形学》。
最后，冯云山想想最重要的是培养一批忠于自己的基层军官，又亲自编写了一本《政治学》，将满清鞑虏的罪行，圣王带领讨虏军一步步如何展壮大的过程都编写进去，将自己描写成一名先知和救世主的形象，给众学员洗脑，宣誓忠于圣王，加入复兴会。
另外，在《政治学》中，冯云山又将后世的一些宣传手法放了进去，如批斗游行会、公审大会，忆苦思甜上台演讲会，以及太平天国的讲道理，详细说了宣传的重要性，教导学员如何做好宣传，引导士兵始终保持强盛的士气和战力。
他准备将《政治学》、《讨虏军操练手册》、《战术学》、《兵器学》、《地形学》、《侦查学》作为黄埔军校的核心军事课程，培养一批面向步兵战场的初级指挥官，也就是连排长，甚至班长。后面的展，还得靠他们自己在日后的作战中如何了。
并且，刊印这些教材的同时，没本教材都设有编号，严禁带出军校，防止流传外间。
前阵子，军校还在筹建期间，他便提前下令从各军挑选5oo名识字的基层军官，直接进入黄埔军校。没想到，二十多万讨虏军中，竟然找不出5oo名识字的军官，后来便降低条件，只要大致识得几个字有一定基础，哪怕不是军官只要是讨虏军将士便成，终于凑够了48o名将士。
无奈，冯云山便下令从两广和占领的福键、糊南等区域择优招收32o名学员，组成第一期的黄埔学员班共8oo名。
鉴于讨虏军中绝大部分将士都不识字的情况，冯云山唤来李善兰交代，准备在军校里成立一个预备班。跟一期学员开班的同时，在讨虏军中招收5oo名基层军官，作为第二期学员的预备学员，提前进入军校教授其识字等基础。
李善兰又派人从南海县乡下雇请了几名穷困的私塾先生，作为国文先生。西洋传教士哈巴安德医生的学生何敬文，充任教授救护专业课程的先生。