将改编左府军下辖兵马的权力下放给庞岳，事后只需向朝廷报备即可。自此之后，“湖广镇”的旧称成为历史。
当月接了旨，庞岳便开始着手改编事宜。先按照当初组建岳州营和永定营的老办法，对张先壁、郝永忠部和金声桓部进行改编，三部的骑兵都收归左军都督府直辖，步卒都去粗存精、各自缩编为一个营。张先壁旧部改编为九江营，郝永忠旧部改编为南昌营，金声桓旧部改编为赣州营，采用和原湖广镇各主力营相同的编制，并加强了教导营分配来的督导官和部分基层战斗骨干，分别驻九江、南昌和赣州。张先壁和郝永忠都对此没有什么异议，事实上，自从亲眼目睹了谭泰全军覆没的那一战之后，他们就再也没有表露过一丝一毫的异议。和王光泰和郑四维一样，他们很快也主动交出了兵权，去广东过逍遥自在的老爷日子去了。金声桓却还不想告别戎马生涯，庞岳尊重他的意愿，先安排他去了辰州的教导营学习新军战法，日后再行任用。
水师方面，从原来的两营内河水师伏波营和洞庭营各抽调部分骨干，组建第三个水师营，营号鄱阳营，驻防九江。
在改编进行的同时，庞岳又在原湖广镇教导营的基础上筹建辰州军事学院，作为左府军培养各级指挥人才的基地，首任院长由原教导营营官沈士元担任。
七月，为了呼应山西姜瓖的反清，庞岳奉诏后率军自岳州北上、对清军盘踞的武昌发起进攻。这是原湖广镇将士经过大半年的休整后首次以左府军的面貌出现在战场上。全军兵强马壮、战意高昂，只用了二十余日便攻克武昌，满清五省经略洪承畴仓惶逃往南京。自此之后，除了最北边的襄阳府和少数县之外，湖广也大部光复，武昌-九江连成一线，大明的北部屏障进一步得到巩固。收复了武昌，庞岳又与忠贞营配合，陈兵荆州以北，作出攻打襄阳乃至进军中原的态势。清廷再度震动，但苦于主力已被牵制在山西、陕西等地，亦是无可奈何。
八月下旬，大同城内，姜瓖麾下总兵杨振威暗中与城外清军取得联络，企图谋杀姜瓖、开城出降，却被庞岳派到姜瓖身边的鹰眼卫总监刑彪提前发觉。姜瓖大怒之下，将杨振威押上城头当着城外清军的面凌迟处死，并诛杀其全家及数百亲信。
然而，面对满清的举国之兵征讨，姜瓖虽有南方的呼应和鹰眼卫的在旁协助，屡次打退了清军的进攻，但还是逐渐到了力竭的边缘。当年十一月底，大同城被攻破，姜瓖及大同军的主要几位将领却在鹰眼卫的协助下趁着黑夜突围出城，后又取道豫西山区抵达了湖广，得到了庞岳的接见。而他们的家人，早就姜瓖起兵之前就已被鹰眼卫暗中护送到了湖广。隆武帝为表彰姜瓖反清归明之功，册封其为榆林侯。
年底，左府军班师回岳州。张云礼以军功升任左军都督府都督同知，石有亮、卢启武、崔守成、刘仁骏、贺震霆皆以军功升任总兵衔。庞岳也再次对左府军编制进行调整。陷阵营改称近卫营，虎贲、钢锋、破军、泰山、华山营分别改称第一、二、三、四、五营，烈火营名称不变，以上各营军旗不变。岳州、永定、赣州、九江、南昌营分别改称第六、七、八、九、十营。
其中，两个戍卫营、两个骑兵营、三个水师营以及近卫营、近卫炮兵营由左军都督府直辖。此外，第一、第六营合编为第一镇，总兵官石有亮；第二、第七营合编为第二镇，总兵官卢启武；第三、第八营合编为第三镇，总兵官崔守成；第四、第九营合编为第四镇，总兵官刘仁骏；第五、第八营合编为第五镇，总兵官贺震霆。
驻地方面，第一戍卫营驻防辰州，第一镇和第一骑兵营、水师伏波营驻防武昌，第二镇驻防长沙，第三镇和水师鄱阳营驻防九江，第四镇驻防南昌，第五镇驻防宝庆。其余各部驻防岳州。