排涝夜以继日地进行着。几天之后，终于将城里面的积水大部分都倾倒出来了。城中很多地势相对比较高的地面已经露出了水面。这些区域的百姓也从城墙返回了家园。
然而，返回家园的百姓被眼前一片疮痍惊呆了。整个家都被黄河水带来的泥沙给塞满了。要想恢复家园，还有很多事要做。
杨仙茅在看到水位开始往下降时，便下令将船开到了自家院子花园的空地上方，等到水位完全降下之后，他的船又停在了原先停放的院子中。等到洪水差不多排涝完毕，洪水退出宅院之后，杨仙茅这才与全府上下仆从们一起恢复家园。
这些人在这些日子里都在杨仙茅的船上，吃喝不愁。得知城楼上发生暴乱，死了数千人之后，他们更是感激杨仙茅帮助他们躲过了这场灾难。因此，杨仙茅让他们出力恢复家园的时候，人人都争先恐后的做着清理工作，都想回报主人的恩德。
他们首先需要清除院子里的淤泥。因为杨仙茅有大船，吃住不愁，所以整个清淤工作有条不紊。但是其他人就没有这么幸运了，很多人发现粮食被水冲走之后，惊慌之下，城里又再次发生骚乱。
但这一次蔡京有了准备。他已经得到宋神宗的授权，带着开封府的衙役，在守城兵士的协助下，迅速平息了这些动乱。同时他超强的组织能力再次发挥了作用。他马上征集民壮运送淤泥，将城里的淤泥全部集中起来堆放在北城的城墙内侧。因为这些淤泥太过沉重，运上城楼再到到城外去的话的确有些太费劲了，而且也没有这种必要。——淤泥是不会主动伤人的，不像洪水。
所以城里各处的淤泥都被堆积在北城的城墙内侧，这样做也可以帮助城墙加固加，以免城外的洪水将城墙冲垮。
城里的百姓知道自己家的淤泥该往哪里送了之后，心中也就安定了下来。城里的淤泥源源不断的被运送到城墙边，堆成一座座靠着北城城墙的斜坡。城里逐渐恢复了原貌。
这几项工作持续了大半个月，才基本上将城里的淤泥清理干净。
这大半个月里，城外的洪水稍稍退了一些，但依旧围着整个开封府。水位依旧达到城墙的一半高度。高水位的洪水持续给城墙施加着强大水压，有不少城墙开始垮塌。
因为宋朝城墙整个是用夯土夯实而成，而不是用青砖。在长时间洪水浸泡之下很容易垮塌。
城墙开始部分垮塌这个令人揪心的消息快传到了皇宫，让宋神宗稍稍放下来的心再次悬紧了。
但随即他又得到消息，新任开封府判官的蔡京，组织开封府的衙役以及数万民众，组织民壮在坍塌城墙处打上木桩，拉上围栏，再将城墙边上清出来的淤泥用草编的袋子装上之后，重新加固坍塌的城墙。
坍塌的位置全部修补完毕。而由于城墙的根基得到了清理出来的淤泥堆集的支撑，整个城墙没有出现致命的垮塌。蔡京的在这次抗洪排涝中的超强组织能力和非凡的智慧，得到了宋神宗的多次夸奖，下旨任命他为京城抗洪排涝都指挥使，直接领导抗洪排涝。
杨仙茅在将自家的宅院清理安家之后，他决定做的第一件重要事情就是预防瘟疫。
大灾之后必有大疫，这一点杨仙茅在很多医书上都看过。因此他很担心会出现这可怕的局面，如果真是那样的话，对京城带来的致命伤害绝对不是洪水所能比拟的，无孔不入的瘟疫，将会把东京汴梁城变成一座人间地狱。
大灾之后的防疫工作并没有人管，蔡京忙着抗洪排涝，开封府的知府在其中没能发挥什么作用。开封府知府系大宋开国功臣赵普的后代，出身名门，但是才能平庸。在大洪水面前慌了手脚，只顾自己逃命，也没有任何组织能力。