后的国会选举中因为江北议员的改投，熊希龄终于获得国会的通过，成为中华民国第二任内阁总理。熊希龄很快提名新的内阁十二部名单，但是名单交给袁世凯之后，却让袁世凯哭笑不得，说你这名单与宋教仁有何区别，只是宋教仁认为只有革命党干实事儿，而你认为只有北洋系干实事，可你却忽略了江北系这个政治巨鳄了，按照你的名单选拔，恐怕未来江北会出乱子。
熊希龄赶紧与袁世凯仔细商议，最终列出了新任内阁名单，内务部长朱启钤、陆军部长段祺瑞、海军部长刘冠雄、财政部长熊希龄兼任、农林部长周自齐、外交部长孙宝琦、文体部长梁启超、工商部长张謇、交通部长沈云沛、教育部长许鼎霖、卫生部长肖湘山、司法部长陈兆棠。四总局人选则为铁路总局局长孙逸仙、海关总局局长梁敦彦、宗教总局局长陈振先、审计总局局长魏文康。
名单公布之后，不管是北洋系、江北系还是革命党均对此并不满意，北洋系本以为可以一家独大，但却发现江北系非但没有被排挤反而壮大了。而江北系只得到了教育部，袁世凯私下向王永安承诺的农林部却没有让出来，而是让北洋的周自齐担任。而革命党更是悲惨，居然只剩下了一个四总局的铁路总局，孙逸仙成了新内阁中革命党的独苗。
作为革命党精神领袖的孙逸仙自然不能单独担任，他立即结束了在日本的铁路技术考察工作回国，通电宣布辞去铁路总局长一职。
因为孙逸仙的辞职，王永安率领江北系向袁世凯提出要求政府提供支持江北四铁路的建设，袁世凯为了安抚江北系，将铁路总局交给了江北系，铁路总局局长则由江北系干将顾贺担来担任，算是江北系在这场政治斗争中取得的小胜果吧。
至此，熊希龄内阁正式成立了，与历史上熊希龄内阁北洋一家独大不同的是，如今的内阁分为两大派系，熊希龄既要受袁世凯的气，又要受北洋系官员和江北系官员的气，可比风箱里的老鼠还要憋闷。