予了独立的船名――作为专用运输船集中使用，特别是前往越南的运粮船和前往三亚、香港的物资输送船，全部是由这些“大型船”负担。这些船只也有少量的武装，并且留有扩充武装的余地，必要的时候可以投入战斗。
除了这些由海军控制的船只之外，在广州－雷州－临高的航线上，过去还有高广船行和海安船行两家船行的船只在航行，这些船只由殖民及贸易部控制，分别由广州站和雷州站进行管理。高广船行有12艘三桅大福船，分别以“广＋天干”和“高＋地支”的方式来命名，这些船只在广州－临高之间开办客货混装的定期航线，在第二次反围剿之前业务十分兴旺，二次反围剿作战开始前，一部分船只逃往临高，一部分被官府扣押没收。暂时还没有恢复起来业务。
至于海安船行的船只，全部是吨位较小的沿海用的盐船，原本主要是用来运输雷州糖到广州等地销售，除了运输糖之外，平时还将雷州的煤、木材和农产品运往临高等短途的海上运输。
尽管大部分的船只都由海军管理使用，在运输的方面的载重吨分配上实际由企划院具体控制。企划院的运输办公室里有专门的配载图和表格，精确到小时的记载各种货物的物流情况。
海军执行珠江口战役之后，大量船只被调走充当战舰和运输舰，使得整个临高的航运运力愈加匮乏。而两个中队的特务艇长驻香港使得原本已经不堪重负的海军船队运力进一步缩减。
他们的迅鲸号自航甲板驳船在运量上非常的惊人，但是该船只能在海况较好的沿海区域活动，而且它的动力系统是柴油机，执行了几次三亚运输任务之后已经消耗了大量的柴油。作为一艘惟一能够运输超大、超重、超长货物的现代船只，企划院实在无法下定决心继续让它执行常规性的货运任务。
这一严峻的形势，使得在执委会的工作会议上，紧急造船的动议被再一次的提出来。造船不仅要满足运输的需要，还要用来扩大海军的作战舰艇，陈海阳在会议上明确指出，现有的武装特务舰在吨位上过小，限制了安装的火炮数量和口径。特别是在部分特务艇上安装的24磅卡隆炮，陈海阳认为这种小型短射程的火炮意义不大。
“24磅卡隆炮的有效射程只有100～200米，如果遭遇西方战舰，射程上吃亏，如果遇到刘香一类的大海盗的船队，一次炮火射击如果不能摧毁敌人的船只，并且立刻完成装弹，会在接舷战中被淹没。”陈海阳提到，在虎门和广东内河战斗中，装备卡隆炮的特务艇中队在作战中为了避免在近距离内被明军的红夷大炮毁伤，不得不多次先等待加农炮中队从远距离毁伤火力之后再加入战斗。
“卡隆炮中队只在大屿山之战中，对付火力非常贫弱，而且数量也不占优势的小股海盗时才发挥出其摧毁性较强的优势。长远看，卡隆炮中队只能充当巡逻或者护航使用。”
另外，特务艇中队的特务艇大多吨位偏小，很难进行持续性的作战――一些船只建造质量不佳，而且这些船只全部没有在船底包铜皮，凿船虫和海生物附着情况已经变得极其严重，陈海阳估计，大概有三分之一的船只必须立刻进行维护。
“继续使用特务船进行繁重的运输和护航任务的话，很快我们就要面临在到1631年的上半年有一半以上船只维护的尴尬局面。”陈海阳警告道，“造船，特别是建造能够长时间使用的大吨位船只迫在眉睫！”
“我们现在这样运输船和战舰不分家的局面不合适。表面上看起了是综合利用，实际上船只改造也好，分配也好，都弄得四不像。”海军军令部长明秋发言了。
澳宋海军真正按照军舰改造或者建造的，只有镇海和伏波两艘双桅炮舰和铁肋木壳三角帆巡逻艇，但是它们