前膨胀和精英阶层确立了独立性，无论是经济上的独立性还是思想上的独立性都在不断加强，单个精英或精英团体与君主或皇帝的利益，与帝国的利益越来越难协调一致；而君主的权威随着时间的推移也在逐渐下降。?因此，出现了明朝皇帝越来越难以控制文官集团，越来越难以随心所欲。维护君主，打击精英，反历史潮流而动，严重破坏生产力，破坏经济和社会的健康稳定成为历史必然。
明朝政治制度比以往历代都更完备，其中异于历代而影响最大的，当首推丞相制的废除与内阁制的设立。历史上多有相权对于皇权的威胁，明代丞相制的被永远废弃，是皇权对于相权取得的彻底胜利。但是，偌大的政务丛杂，皇帝绝不可能凡事亲裁，只得设立内阁助理。
这情况决定了，一方面，内阁从一开始就是不定性的，职权并不明朗，以后事实亦表明，内阁纵然得到皇帝青睐，得到迅速发展，但始终没有法定的地位，不能正式统率六部百司。另一方面，皇帝虽然离不开内阁，但仍然顾忌内阁会演化成为事实上的丞相，威权震主，于是以司礼监加以牵制，出现“外相”。“内相”并存，而内相往往以亲近皇帝更为得势的局面。
从总体而言，历代丞相多是饱受儒学熏陶、文化层次较高的有识之士，其忠君、忧国忧民的观念虽然有很大的阶级局限性，但毕竟还是存在的。?而司礼监的太监则多是文化素质低下，由于种种不固定的因素而得到皇帝宠幸的，其中不乏狡诈之徒，这样的人与内阁内外共事，本身就只能对阁权的妨碍与牵制，易于出现宦官口衔天宪控制内阁的局面，宦官一再擅权，正是明代政治日更黑暗乃至不可收拾的重要原因。