慈航真人就其来源道教有二种说法。
历史记忆中的“慈航道人”
慈航道人，是道家女真神仙。道场位于普陀山落伽洞，手持法宝为三宝玉如意，清净琉璃瓶。
根据《历代神仙通鉴》记载，普陀落伽岩潮音洞中有一女真，相传商王时修道于此，已得神通三昧，发愿欲普度世间男女。尝以丹药及甘露水济人，南海人称之曰慈航大士。
《灵宝经》里也曾描述慈航道人原为禅黎世界坠王的女儿，到了4岁还不能说话，王觉得很奇怪，就将她丢弃于南浮桑之阿空山之中。没有粮食，却能吞食日月之精华。在《封神演义》中慈航道人为元始天尊门下十二金仙之一，法术排名前三，战绩辉煌。所以慈航道人的出现时代应该是在商末周初，系女性形象，法相慈悲庄严。
依照道教的说法，慈航真人乃是原原本本的女真，而佛教的观世音则是从一开始就是男人身修行的。再者，依照《历代神仙通鉴》来说慈航真人商朝得道，而依照佛教《楞严经》来说，观世音，远在恒河沙劫前，就已经修成（《楞严经·耳根圆通章》谓菩萨自述，往昔恒河沙劫前，师事观世音如来，以闻思修，入于正定，观世音如来“叹我善得圆通法门，于大会中，授记为观世音号”）。而且依照佛教经典，观世音菩萨是阿弥陀佛的继承者。
依照种种经典来判断，十分明显，慈航真人不是观世音菩萨，他们之间有十分清楚且明显的差别。在唐朝菩萨改为女像后（这是政府行为），再加上后世《封神演义》等小说，从而导致部分不研习经典的道士产生了慈航真人就是观世音菩萨的想法，再加上，全真派提倡三教合一，有意或无意加深这一观点，於是就造就成了今天慈航就是观音这观点的氾滥。甚至连道教协会网也是如此说明介绍，而且道教协会网所例举的观音事迹不过是後世小说家们的伪造，是不被佛教承认的（正统佛教关於观音的记载统统都在经典里，他们佛教是绝对不会承认小说之中的事迹的）。由此可见，道教流传至今有多没有自信和混乱了。