年清”号的设计母型是法国的“LaMotte－Picquet”级炮舰。“LaMotte－Picquet”级炮舰是法国开工于1858至1859年间的一级蒸汽军舰，同级一共建造了5艘，该级舰排水量687吨，舰长54.55米、宽8.52米、吃水3.22米，装备一台蒸汽机，功率虚数150马力，实数570马力，航速7.9节。这级军舰船型上很类似风帆时代著名的快速船——飞剪船，外形修长优美。从外观上看，“万年清”号与“LaMotte－Picquet”级几乎一模一样，但又并不是单纯的按样仿造，“万年清”号在尺寸、吨位上都进行了扩大，这一点就是为了满足左宗棠提出的“兵商两用”目的，在原本炮舰的设计上增加货舱，以便同时具备炮舰和货船双重身份。
“万年清”号的排水量达到1450吨，几乎是母型的一倍，舰体水线长68.02米，全长76.16米（不含舰首的斜桅），也大于母型，但是“万年清”号的舰宽8.9米，与母型相近，舰宽不动、加大了长度，使得“万年清”号在外观上看起来更为修长。吃水方面，“万年清”号重载时舰首吃水4.03米、舰尾吃水4.64米，这样的吃水当时在国外并不算很深，但中国沿海港口大都没有过机械疏浚，水深较浅，“万年清”4米多的吃水对于很多中国港口而言已经是天文数字了。
“万年清”号的动力系统由一座蒸汽机和两座锅炉配合组成，采用单轴单桨推进形式。蒸汽机的样式是英国制造的立式二汽缸往复式，高3.84米，基座宽2.88米，长3.2米，功率虚数150马力，实数600马力，与母型“LaMotte－Picquet”级炮舰装备的蒸汽机功率相近。与蒸汽机配套的两台锅炉同样是购自海外，属于方形燃煤锅炉。这种锅炉在19世纪中期左右的蒸汽舰船上广泛使用（英国海军早期的“勇士”号等著名蒸汽军舰都是使用的这种样式的锅炉）。方形锅炉实际上是一种低压锅炉，“万年清”号的两台方形锅炉工作压力2.75个大气压，因为军舰宽度较窄，两台锅炉锅炉采取的是炉门分别朝向军舰首尾的背靠背安装样式，而非大型军舰上炉门分别朝向军舰左右舷的布置。朝向军舰前方的锅炉高3.39米，宽5米，纵深3.16米，有5个炉门，朝向军舰后的锅炉只有4个炉门，高、纵深和前方的锅炉一样，宽度则只有4米，两台背靠在一起的锅炉共用一个大燃膛。为方便燃煤就近补给，又在两座锅炉的炉门前方各安排了一处煤舱。
“万年清”号很大程度上还保留着风帆军舰的特点，船首装有斜桅，主甲板上分布着三根略微向后倾斜的主桅（其中前桅带有横桁，中、后桅只有斜桁），必要时可以挂起风帆航行。“万年清”号的露天甲板上建筑非常简单，中桅前方是机舱棚和烟囱、风筒，对应的锅炉、蒸汽机就在其下方的舰体内，烟囱之前不远是全舰的指挥中心——横跨两舷的飞桥，上面装有标准罗经，两翼安装航行灯，飞桥之下是一间木制的操舵室，并没有后来军舰上必备的装甲司令塔。作为那个时代军舰的通例，除了操舵室里的主液压舵轮外，“万年清”号后桅之前还有一套备用的人力舵轮，因为军舰吨位较小，因而配备的是双联舵轮。在烟囱、飞桥建筑的前后，甲板上可以看到分布着两组巨大的货舱盖，货舱容量为260吨。机舱、货舱几乎占据了“万年清”舰内三分之二的空间，在剩余的舰首甲板下是锚链舱、厕所、水兵舱等舱室，舰尾剩余的空间则全部是军官生活区。
“万年清”号使用的是非常漂亮的法式涂装。舰体全部涂刷成天蓝色，由于船体是木制，为了让水下部分耐腐蚀，水线下的船体用铜皮包裹，因而水线下的颜色是铜色。这种优美的涂装在中国百姓眼中是头一次出现，令观者赞叹不已。虽然“万年清”