随着王二牛带领的后续人马的到来，神农河畔一下子热闹起来。
杨日天手下聚齐了一个战兵队，四个民兵队，一共一百一十九名战斗人员。杨六郎带着三个队驻扎在下游营寨，尕李广带着两个队同总部一起驻在上游。
狼山堂的袍哥十八人，并不算士兵的编制，同样驻在上游。
巴特尔他们最终赶来的二十六人，负担了往来运输和游动警戒的任务。
最热闹的是王二牛带来的一个生产队男丁。二牛请示了孙一，直接把总部营寨南边的一大片土地划成了这个队的住宅区。住宅区中心是预留的学校、场院、寺庙和戏台，一条南北大街直通总部营寨和神农河，沿着东西向的几条大街，整整齐齐的是每家两亩宅基地。狼山的两亩地，换成英尺都上万了，即使在后世的美国也算超大的院子，看得孙一直眼热。
这队的男丁，立刻“搬”进了自己的“家”。偌大的院子里，搭一个个小窝棚，或者干脆挖个地窝子，只要总部没有差使，天一亮主人们就开始不知疲倦地收拾自己的“院子”，一直忙到晚上看不见为止。
孙一并不着急对土匪发动进攻，杨日天每天都在抓紧时间训练人马。参谋部一成立就发挥了作用，八九个老军结合自己的实战经验，提出了一系列的改进小意见。杨日天对这些小意见高度重视，认为这正是老军们历经百战仍能生还的秘诀，迅速地在全营推广。
孙一做为一个老程序员，回到明朝之后第一次发挥了自己的专业特长，对全营的通讯指挥进行了大改革。
此时明朝的军队指挥离不开旗帜。从明军的编制就可以看出，每十人叫做一个小旗，每五十人叫做一个总旗。作战的时候普通士卒紧跟自己的小旗，小旗则跟随总旗，旗进人进，旗退人退。如果不幸一旦被对手拔了旗，相应的人马就立刻就成了没头苍蝇。级别高一些的旗帜，比如帅旗和队旗，可以发布简单的旗令，比如用旗帜指向来发布攻击方向，用旗帜点头来发布攻击节奏。旗帜之间，还可以有一种在孙一看来很原始的通讯：由帅旗发出认旗信号，下属旗则回答应旗信号。就是一次简单的互相确认的握手信号而已。
比明军先进的是，铁木营中每队还装备了柳木哨——真正的木哨，不再是柳树皮做的临时哨子。这是上次夜战马三保留下来的传统，柳木哨不同的音调高低可以区分不同队伍，通过简单明了的长短音可以发布一些哨令。几次在芦苇荡里的训练，让军士们感到在两边都是高草的芦苇沟里，柳木哨比旗帜还管用。
而后世的军队，旗帜的指挥作用越来越小，以至于完全退化成荣誉的象征。军队中起通讯和指挥作用的，有电台、旗语、灯语、军号、哨令和口令。
军号构造简单，发音嘹亮，传远性好，影视剧里经常有冲锋号、起床号和熄灯号，应该比较容易推广应用。孙一于是仔细研究了一支善于用铜号的部队，吃惊地发现军号竟然可以发布107种号令：
勤务号13种：起床、出操、收操、吃饭、上课、下课、午休、午休起、游戏、晚点名、熄灯、集合（集结）、紧急集合；
联络号11种：问队名、知道、不知道、传号音、传不通、你在哪里、在这里、注意号令、向我靠拢、普通问、普通答；
行动号10种：立正、稍息、跑步、返回、休息、预备、上车、下车、开工、收工；
名目号28种：1、2、3、4、5、6、7、8、9、0，军、师、团、营、连、排、班、营长、营副、教导员、副教、连长、连副、指导员、副指、排长、排副、号首长；
连队兵种号16种：号长、号目、号兵、警卫连、机枪连、侦察连、特务连、民兵、骑兵