“某天，柯南在整理信件时，发现了一封寄给自己的信，原来是有名的建筑师--森谷帝二邀请新一去参加他举办的茶会。
没办法以新一身份去参加的柯南，打电话要小兰等人代替他去，但小兰开出另一个条件，要新一和她在5月3日晚上十点一起去看电影。
原来5月4日那天是自己的生日啊!柯南都把这件事给忘了。
在茶会上小兰和森谷帝二谈起要和新一约会的事。
到了5月3日当天下午，小兰便出门了，柯南在无可奈何之际，看见新闻说火药库的火药被窃，而且最近发生了许多纵火事件，似乎都出自同一人之手。
而后这个犯人打电话给新一，声称手里有炸弹，要新一马上到堤向津川绿地公园，不然就会有人死。
柯南用划板迅速赶往公园，发现侦探团的孩子正在玩一架来由不明的轰炸机。
虽然柯南击毁了飞机，但还是发生了爆炸。
这时罪犯又来电话，说3点在米花车站广场会有炸弹爆炸，提示是在树下。
柯南来到车站，发现原来炸弹是放在一个装猫的宠物篮内，因为日语树根和猫同音，但篮子被人拿走了。
柯南好不容易才追到篮子，可只剩20秒了，在倒数16秒这时记时器突然停了，但柯南刚把炸弹带走一会儿就又开始跳动。
柯南将炸弹带离人群，但炸弹还是爆炸了，他也受了伤，进了医院。
在医院里大家怀疑是新一的仇家干的，新一曾破的最有影响的案子是前西多摩市的冈本市长开车撞人案，那个市长因为此案而下台，西多摩市的市政建设计划也因此而取消了……
不久犯人又来电话，声称在东京都环状线上装了5颗炸弹，在下午4点后，行驶的列车速度不满60公里，或太阳下山了，那么就会爆炸，提示是炸弹在“XX之X“，而侦探团的孩子也在车上。
柯南从太阳能想到，炸弹是在“铁轨之间“，但事后发现用去的炸药只是被偷的1/4。
白鸟警官发现几处被破坏的建筑都是森谷帝二30岁前设计的，大家来到森谷帝二家调查，柯南在他家的作品展览室发现了西多摩市的市镇建设计划模型……没多久柯南就使犯人露出了原形。
看似结束的事件却尚未结束，犯人说他已把最大的炸弹放置在米花市政厅中了，而且……那不是小兰正处在的地方吗!此时离爆炸时间已所剩不多了……柯南尽全力来到大楼内，用电话联系小兰教她如何拆炸弹。
最后，只剩下两条电线，到底应该剪哪条呢?是剪有小兰和新一的幸运色的那条?还是……此时时间是5月4日零点!
柯南突然想到森谷帝二说的“三分钟“才知道是帝二给他过生日的时间。
这时柯南无意中想起小兰在帝二前说的她与新一的幸运色，一时才发现原来红色的那根才是引爆线。
可是因为大楼的突然爆炸，使柯南被撞出门外，警员又碰巧救出柯南。
而最终小兰剪掉了蓝色的线，因为红色的线是小兰和新一最喜欢的颜色，她不想剪断……”
“任务世界：名侦探柯南·引爆摩天楼。”
“世界等级：e级。”
“类型：战斗、系统。”
“痛觉削弱度：0%。”
“个人能力强化度：0%。”
“目前场景探索度：0.01%。”
“提示：目前世界为e级世界，无法使用超过e级的能力。”
“提示：目前世界为系统世界，宿主将代替原主角进行任务。”