大的陨石撞击地球之后灰尘遮盖天空，造成全球性气温下降，经济崩坏、民族纷争、内战……世界人口急速减少，只剩下原来的一半，南极，成为了宁静的残亡地域，人类，并未象恐龙那样灭绝，但复兴的工作，却无比严峻。
2001年，林游诞生，并且，所有EVA的驾驶员亦在这一年出生。
2002年，源堂和冬月为了调查第二次浩劫的起因前往南极，国联正式发表公告，称2000年9月13日的世界规模的大灾害，是由于有超光速数倍的大质量陨石，冲击南极大陆所引致，其破害性相当于40亿年前的地球与小行星的撞击，但对于造成第二次浩劫的原因，却无人知晓，现实毕竟难以掩盖，在专家圈内，流传着一些保留下来的照片，在冲击造成的光影中，有一个巨人般的影像，也有在南极等地的幸存者称，在冲击波浪的中心，有数对巨大的翅膀，因第二次浩劫受到惊吓而陷入自闭状态的美里，被国联保护。
2003年，国联完成了对南极的调查，根据调查结果设立了位于箱根的人工进化研究所，冬月首次探访人工进化研究所，之后开始协助源堂，在人工进化研究所的地下有个广大的球形巨大空洞，而NERV本部就利用这个空洞而建造，此时，E计划始动，零号机也开始建造了。
2004年，进行了EVA启动实验，在幼小的真嗣面前，发生了事故，真嗣的母亲唯在实验中消失，拯救计划失败，自从唯的事件以后，没多久，源堂决定转移实行《人类补完计划》。
2005年，美里和律子在长野县第2新东京市的第2东京大学内相识，之后加持和美里相识，没多久，加持和美里开始同居，在地下空洞的上方，第3新东京市开始建设。
2007年，美里和加持分手。
2008年，赤木博士完成了MAGI的基础理论，跟随着母亲尚子，律子加入研究所，成为主要执行人。
2009年，葛城美里加入研究所。
2010年，NERV的中枢电脑MAGI完成的当日，开发者赤木尚子在掐死第一个绫波丽后自杀，人工进化研究所经过改编，成为了新的秘密组织NERV。
2012年，在参拜母亲的陵墓时，真嗣在其父的面前逃离出走。
2014年，第二个绫波丽转学进入第3新东京市地壹中学校内。
2015年，使徒袭来……”
“任务世界：新世纪福音战士。”
“世界等级：s级。”
“类型：战斗、系统。”
“痛觉削弱度：0%。”
“个人能力强化度：0%。”
“目前场景探索度：0.01%。”
“提示：目前世界为s级世界，无法使用超过s级的能力。”
“提示：目前世界为系统世界，宿主将代替原主角进行任务。”
“世界任务：消灭来袭使徒。”
“世界任务完成后将返回现实世界进行评价及奖励结算。”
……
系统提示落下，林游也是出现在一处无人的街道上。
只是下一刻，大地震动，前方空中出现了大批日本战机，接着，一个巨大的生物出现了。
“轰！！！！”
随后，一道耀眼的光芒从地平线升起，伴随惊天的巨响，方圆数百里全被摧毁，无数的碎石飞向林游，又忽然在他面前落下，对他没有造成任何伤害。
“N2地雷吗……”林游嘀咕了一句，身形就是消失在原地。
……