就拒绝了魏忠贤，让其继续留在京城为皇家效命，为了安抚魏忠贤给了其不少赏赐。
崇祯皇帝的本意是想逐渐解除魏忠贤的权力，这样的话也好向死去的天启皇帝交待，可令他万万想不到的是，东林党的官员们从魏忠贤请辞一事上敏锐地意识到了崇祯皇帝并不像天启皇帝那样宠信魏忠贤。
于是，东林党的官员们群起而攻之，纷纷上书弹劾魏忠贤，说其徇私舞弊、贪赃枉法乃至意欲谋反。
那些弹劾魏忠贤的奏章一个个慷慨激扬，说的有鼻子有眼，好像他们亲眼看见了魏忠贤犯法一样。
见此情形，朝堂上那些原齐楚浙等派系的官员也跟着上奏章给魏忠贤辩解，指出魏忠贤尽忠守法，东林党人的弹劾是污蔑之词。
围绕着魏忠贤的忠奸问题，两派人是唇枪舌剑，吵得不可开交，自从东林六君子事件后东林党处于了下风，故而京城的官场上还从没有如此激烈的争论。
面对这次突如其来爆发的党争，年轻的崇祯皇帝一时间不知道如何是好，毕竟他从未经历过这种阵势，以前也没有学过平衡党争的权术。
就在崇祯皇帝犹豫不决的时候，一道奏章激怒了他，使得他的心里最终做出了取舍。
国子监司业朱之俊上疏弹劾监生陆万龄和曹代，两人在半年前曾经向国子监另外一名司业林迁请求在国子监给魏忠贤立生祠，与孔圣人并尊。
林迁觉得荒唐，就把两人请求立生祠的请求信用笔墨给涂了，当时魏忠贤权势正盛，随后挂官离职回老家去了。
陆万龄和曹代并没有气馁，而是又写了一封请求信给了同为司业的朱之俊，朱之俊虽然也觉得此举十分荒唐，魏忠贤何德何能可以跟孔圣人并尊？但他不敢得罪魏忠贤，于是就把尽量敷衍。
而后，天启皇帝西苑落水，这件事情也就拖了下去。
如今东林党人纷纷弹劾魏忠贤，朱之俊知道魏忠贤已经不像天启皇帝时期那样得势，因此也加入了倒魏的大军，弹劾亵渎孔圣人的陆万龄和曹代。
崇祯皇帝万万没有想到国子监的监生竟然要把魏忠贤尊为“圣人”，这可就挑战了他的底线，同时无形中也印证了魏忠贤权势熏天，是“阉党”首领的传言，要不然为何人们都要巴结他，难道其真的是传言中的“九千九百岁”？
对于亵渎孔圣人的行径，崇祯皇帝自然是万分恼火，下令严惩陆万龄和曹代，他可与天启皇帝不一样，对魏忠贤的生祠持反感态度。
国子监的事件后，崇祯皇帝翻阅了不少记载古代帝王权谋之术的书籍，经过一番权衡很快就下定了决心，决定打击魏忠贤以及追随他的“阉党”，重新启用在民间有着良好口碑的东林党。
对于东林党的政治主张崇祯皇帝心中还是非常认同的，既然天启皇帝游刃有余地驾驭群臣，那么他相信自己也能驾驭东林党，在东林党的辅佐下中兴大明。
于是，崇祯皇帝给了东林党一个倒魏的信号，当御史杨维垣疏奏弹劾与魏忠贤关系密切的兵部尚书崔呈秀时，崇祯皇帝随即顺势罢了他的官职。
这立刻在京城官场引发了轰动，就连杨维垣也没有想到崇祯皇帝会如此快地撤了崔呈秀的职务，要知道崔呈秀被东林党视为魏忠贤的左膀右臂，“阉党”的二号人物。
京城里的聪明人很快就从中敏锐地嗅到了异样的气息，崇祯皇帝这是要对魏忠贤以及“阉党”下手了。
于是，东林党人受到了鼓舞，弹劾魏忠贤的奏章雪片般飞到了崇祯皇帝的案桌上，奏章的性质一道比一道狠，除了给魏忠贤扣上了一顶顶的刻有十恶不赦罪名的帽子还说他有谋逆之心，将其比为历史上叛国谋逆的王莽和