除此之外，木叶的军事力量在暗处还有一支部队，叫做暗杀战术特殊部队，即木叶六部之一的暗部。其成员都是从木叶里筛选出的优秀忍者，主要进行保护火影和预防外敌侵入木叶忍者村的工作，有时还负责侦察敌情和暗杀等任务。
暗部们行动时都戴着模仿动物的白色面具，任务性质及其他一切资料均保密。暗部由火影直属，一切命令由火影发布，部队底下设多个分队，由分队长统一转达命令和领导执行任务。
以上便是木叶长老们的解释，但波风水门却悄悄的瞥了眼志村团藏，因为他作为21世纪宅男，心里很清楚理论上这些就是木叶明面、暗处的军事力量，不过由于猿飞日斩的软弱，木叶长老之一的志村团藏却是秘密组织一批极为阴暗的部队：根组织。
根组织，与暗部一样都是暗部特别机动部队，但是与暗部效忠火影不同，根组织的成员因为理念不合等原因，都是直接受命于志村团藏。其中比较出名的有佐井、寺井、山中风以及油汝取根等。
而所谓根组织的之成员，没有名字，亦无感情，全部都用代号来称呼彼此，同时他们没有过去亦无未来，心中只有任务，其他的都已被斩断。
而正如根组织的训言一样：若是火之国为熊熊烈火，那么木叶就是一棵大树，源源不断地给予烈火可燃烧的材料，而在背后支撑起木叶村这棵大树的是深扎于大地之中的根，以及“根“的意志。
但波风水门却觉得好笑，因为这群根组织的傻叉们明明是因为被志村团藏在舌头上种下封印才对其忠心耿耿的，压根就没有这口号说的那般伟大。而且在波风水门看来，根组织的成员就类似于后世的传销组织，脑袋都被志村团藏洗的一干二净。
这群根组织成员秉承着一个所谓的支撑木叶的信念，对敌人、对盟友、对自己人都下得去黑手，这种极端的行为看起来无私、伟大，但最终还是沦为了志村团藏他自己——为了登上火影宝座而禁锢了根组织原本的信仰...
(本章完)