方时，应该充分考虑药物的特性，方中既要有君药、臣药，还要有起协助作用的佐使之药。其比例可按照一君、二臣、三佐、五使或一君、三臣、九佐使的原则来处理。
在药物配伍中，两味或两味以上的药物用在一个方剂中，相互之间会产生不同的反应：有的药物共同使用能发挥更大的功效，有的两药相遇一方会减小另一方的药性；有的药可以制约另一种药物的毒性；有的两种药品本身均无毒，但如果两药相遇则会产生很大的毒性，不能同用等。《神农本草经》中共总结了七种关系，包括单行、相须、相使、相畏、相恶、相反、相杀等，认为对此“七情”要“合和视之”，这便是“七情合和”的配伍原则。
《神农本草经》中对于所收录的各种药物的功效和主治疾病都进行了简要的记载与描述，这无疑是早期临床药学宝贵经验的总结。长期临床实践和现代研究都证明《神农本草经》中对于所载药物的功效认识大部分是正确的，其中许多药物至今仍然在临床广泛应用，比如人参补益、黄连止痢、麻黄定喘、常山截疟、大黄泻下等。而且各种药物主治疾病的种类也非常广泛，约有170余种，包括了内、外、妇、儿、五官等科疾病。此外，《神农本草经》中对于药物的性味、产地与采制、炮制方法，乃至用药原则和服药方法等都有涉及，极大地丰富了药物学的知识体系。
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而在《神农本草经》之后，很多朝代都对《本草》类书籍的编纂很是重视。
在唐朝前期，则是出现了《新修本草》，而在宋朝时期，《本草》类的书籍已经相对较为成熟。
其中较为著名的有以下数本：
《本草图经》，古代中药学著作。简称《咽经》，又名《图经本草》。宋?苏颂（1020年－1101年）等编撰。，共20卷。目录1卷。
图成于1061年.本书收集全国各郡县的草药固，参考各家学说整理而成。
苏颂在集贤院校理任上，与同时代的药物学家掌禹锡、林亿等编辑补注了《嘉祐补注本草》一书，校正出版了《急备千金方》和《神农本草》，在此基础上，独力编著了《本草图经》二十一卷。
宋仁宗于嘉祐三年（公元1058年）命苏颂等编撰。一名《图经本草》。二十卷，目录一卷。成书于1061年。本书搜集全国各郡县的草药图，参考各家学说整理而成。《本草纲目》评价此书“考证详明，颇有发挥。但图与说异，两不相应，或有图无说，或有物失图，或说是图非，……”。
原书已佚，佚文及图见于《证类本草》。
《经史证类备急本草》（公元1082年，宋元丰5年）简称《证类本草》。古代中国药物学著作。共31卷。唐慎微编著。
唐氏鉴于《嘉祐本草》、《本草图经》问世以后，“而世之医师方家，田父里妪，犹时有以单方异品，效见奇捷，而前书不载，世未知者。”所以他除了系统地集录自《神农本草经》以下唐宋各家医药名著外，还收辑“经史传记”、“佛书道藏”等书中有关药物的资料，编为30卷，载药1558种，附方3000余首，有图和炮制方法。因此，本书可称是集宋以前本草学之大成。在明代《本草纲目》问世之前500多年时间，一直是研究本草学的重要文献。它取材广泛，故后世有许多已经失传或散佚的古书，可从其引文中略窥梗概。所以李时珍对它的评价是：“使诸家本草及各药单方，垂之千古，不致沦没者，皆其功也。”它不但具有很高学术价值和实用价值，而且还具有很大的文献价值。
本书在宋代曾几次修订，在大观二年（公元1108年）经医官文晟等重修之后，被作为官定本而刊行，遂改名为《经史证类