兵入觐，拜表即行。可法遂请督师，出镇淮、扬。十五日，王即位。明日，可法陛辞，加太子太保，改兵部尚书、武英殿大学士。士英即以是日入直，议分江北为四镇。东平伯刘泽清辖淮、海，驻淮北，经理山东一路。总兵官高杰辖徐、泗，驻泗水，经理开、归一路。总兵官刘良佐辖凤、寿，驻临淮，经理陈、杞一路。靖南伯黄得功辖滁、和，驻庐州，经理光、固一路。可法启行，即遣使访大行帝后梓宫及太子二王所在，奉命祭告凤、泗二陵。
可法去，士英、孔昭辈益无所惮。孔昭以慎言举吴甡，哗殿上，拔刀逐慎言。可法驰疏解，孔昭卒扼甡不用。可法祭二陵毕，上疏曰：“陛下践阼初，祗谒孝陵，哭泣尽哀，道路感动。若躬谒二陵，亲见泗、凤蒿莱满目，鸡犬无声，当益悲愤。愿慎终如始，处深宫广厦，则思东北诸陵魂魄之未安；享玉食大庖，则思东北诸陵麦饭之无展；膺图受箓，则念先帝之集木驭朽，何以忽遘危亡；早朝晏罢，则念先帝之克俭克勤，何以卒隳大业。战兢惕厉，无时怠荒，二祖列宗将默佑中兴。若晏处东南，不思远略，贤奸无辨，威断不灵，老成投簪，豪杰裹足，祖宗怨恫，天命潜移，东南一隅未可保也。”王嘉答之。
得功、泽清、杰争欲驻扬州。杰先至，大杀掠，尸横野。城中恟惧，登陴守，杰攻之浃月。泽清亦大掠淮上。临淮不纳良佐军，亦被攻。朝命可法往解，得功、良佐、泽清皆听命。乃诣杰。杰素惮可法，可法来，杰夜掘坎十百，埋暴骸。旦日朝可法帐中，辞色俱变，汗浃背。可法坦怀待之，接偏裨以温语，杰大喜过望。然杰亦自是易可法，用己甲士防卫，文檄必取视而后行。可法夷然为具疏，屯其众于瓜洲，杰又大喜。杰去，扬州以安，可法乃开府扬州。
六月，大清兵击败贼李自成，自成弃京师西走。青州诸郡县争杀伪官，据城自保。可法请颁监国、登极二诏，慰山东、河北军民心。开礼贤馆，招四方才智，以监纪推官应廷吉领其事。八月出巡淮安，阅泽清士马。返扬州，请饷为进取资。士英靳不发，可法疏趣之。因言：“迩者人才日耗，仕途日淆，由名心胜而实意不修，议论多而成功少。今事势更非昔比，必专主讨贼复仇。舍筹兵筹饷无议论，舍治兵治饷无人才。有摭拾浮谈、巧营华要者，罚无赦！”王优诏答之。
初，可法虞杰跋扈，驻得功仪真防之。九月朔，得功、杰构兵，曲在杰。赖可法调剂，事得解。北都降贼诸臣南还，可法言：“诸臣原籍北土者，宜令赴吏、兵二部录用，否则恐绝其南归之心。”又言：“北都之变，凡属臣子皆有罪。在北者应从死，岂在南者非人臣？即臣可法谬典南枢，臣士英叨任凤督，未能悉东南甲疾趋北援，镇臣泽清、杰以兵力不支，折而南走。是首应重论者，臣等罪也。乃因圣明继统，钅未钺未加，恩荣叠被。而独于在北诸臣毛举而概绳之，岂散秩闲曹，责反重于南枢、凤督哉。宜摘罪状显著者，重惩示儆。若伪命未污，身被刑辱，可置勿问。其逃避北方、俳徊而后至者，许戴罪讨贼，赴臣军前酌用。”廷议并从之。
杰居扬州，桀骜甚。可法开诚布公，导以君臣大义。杰大感悟，奉约束。十月，杰帅师北征。可法赴清江浦，遣官屯田开封，为经略中原计。诸镇分汛地，自王家营而北至宿迁，最冲要，可法自任之，筑垒缘河南岸。十一月四日，舟次鹤镇，谍报我大清兵入宿迁。可法进至白洋河，令总兵官刘肇基往援。大清兵还攻邳州，肇基复援之，相持半月而解。
时自成既走陕西，犹未灭，可法请颁讨贼诏书，言：
自三月以来，大仇在目，一矢未加。昔晋之东也，其君臣日图中原，而仅保江左；宋之南也，其君臣尽力楚、蜀，而仅保临安。盖偏安者，恢复之退步，未有志在偏安，而遽能自立者也。大变之初，黔黎洒