趁着刚发下奖励士气高昂，任思齐决定把编制再重新整理一下。现在岱山岛任思齐属下人数近五百人，有原来就追随的几十名船员，有主要由岱山百姓组成的一百乡兵，有从日本长崎招募的二百多明人移民，还有五十多名日本流浪武士，可以说是成分复杂、人数众多。
其人数远远超出了一个巡检司正常的编制，在明代巡检司多设在交通要枢，远离城市之处，负责查问行人、缉拿逃犯等。当然在海岛上的巡检司一个重大的职能就是缉拿海盗。在舟山群岛，海盗众多，这也是岱山巡检司能够重建的原因。
巡检司的编制通常是巡检一名，从九品，是刚入流的小官。另外会有书吏两名，弓兵数十人到百人。现在任思齐手下的人数远远超过了一个巡检司该有的人数。
经过仔细思考以及和茅十八等人商议后，任思齐决定把手下分成两大块。一是水师，主要九条大船组成，职责是巡查岱山附近海面，打击海盗，进行远洋贸易。二是陆师，主要以晋玉飞统领的一百乡兵构成、职责是防守岱山，配合水军打击海盗。
水师共九条船，每条船确定编制，最大的一艘荷兰船“公主号”因为上面火炮众多，编制人数最多，共有60人，作为任思齐的新旗舰。“飞鱼号”原有六门火炮，从“公主号”上又调来六门，现在共十二门大炮，编制人数48人。其他三桅福船每船定编36人。这样算下来，光是九条大船编制就达300人。
每条大船设管带一人，总领全船，并设火长、司库等职务，所有船员分成见习船员、普通船员、副主管、主管、总管五级，情形一如以前。除了“公主号”由任思齐直领外，任命茅十八为“飞鱼号”管带，司马南为“福春号”管带，其他各船均有经验丰富的老船员任管带。
在陆军方面，原来的一百乡兵晋玉飞和门罗训练的很好，采用的是西班牙长枪方阵的编制，士兵分长枪手和火枪手两种。任思齐打算在原来的基础上进行扩充，扩编到三百人。
任思齐现在已经是岱山巡检司的巡检，理论上已经是岱山岛的最高长官，虽然没有管辖各村的权力，但却有征调民役的权力。其实按照明朝的制度，巡检司的士兵并不是真正的士兵，而是叫做弓兵。弓兵并不是士兵，而是征调的民夫，在古代，百姓们除了缴纳皇粮国税意外，还要服各种徭役，在巡检司服役就是其中一种。服徭役自然是没有薪水可拿的，可是现在任思齐却给每个属下都发薪水，并没有把他们当作民役，而是和自己属下船员一样待遇。相信这种待遇下，岱山各村的百姓都会乐于服役的，把陆军扩编为三百人问题不大。
至于陆军的编制，在和门罗晋玉飞商议后，任思齐决定采用如下编制：12人一小旗，长官就叫小旗；4小旗为一总旗，长官称总旗，另有一传令兵，共50人；3总旗为一队，长官称队正，另有传令兵，炊事兵等，共160人左右。
人数所限，任思齐决定先编制两队弓兵，一队由晋玉飞任队正，另一队则由荷兰人门罗任队正。任保全、汤尼、沙比拉、任丽坤等人充作总旗。
当然现在人数不足两队弓兵，需要从岱山岛各村征调民役，任思齐也不急，现在只需要把军队的架子搭起来，以后慢慢扩充就是。
再就是对军队的掌控问题，在明朝后期，朝廷军队编制非常混乱，军队的战斗力极差，不管是面对李自成等农民军也好，还是面对关外的清兵也罢，都被打的稀里哗啦。一支万人的大军中真正有战斗力的往往只有主将的几百亲兵，而且明朝后期的军队还有一个非常不好的地方，就是兵为将有，朝廷对军队的掌控非常的差，在明朝后期造成了军阀众多，前有吴三桂等关宁铁骑，后有南明江北四镇。主将生异心的话，整个军队都会跟着造反