不论是移民安置还是军队整编，都是非常的繁琐麻烦。好在民政由沈廷扬等一帮文官负责，军政则有李彦直等一干幕府众人协助，任思齐只需要总体掌控即可。而崇明的一应制度都是从岱山制度复制照搬过来，根本没有多少创新之处，所以很快一切都步入了正规。
整个六月，崇明岛二十多万军民处于埋头发展模式，而外面的形势越来越恶化了起来。
六月十日，来自杭州的使者抵达了崇明岛，带来了弘光帝的圣旨。
越国公，左都督，太子太保，这是弘光帝加封任思齐的新的爵位官职，然后让任思齐速速带领属下军队赶赴杭州勤王。
应付了使者之后，任思齐聚集众人议事，出乎意料的是几乎所有人都反对增援杭州。刘肇基茅十八等将领反对可以理解，毕竟岱山军刚刚从扬州撤离，遭受了巨大的损失，虽然补充到了总数达五万人，在崇明的军队也有四万多，可是士兵新募，还未训练，根本就没有战斗力。而且据江北哨探来报，一支人数达三万多的清军抵达了崇明对面的南通，有攻打崇明的企图。外有强敌，内部不稳，哪里能抽调出兵力增援杭州啊！将领们反对应召很正常，可是这次就连沈廷扬刘万春等文官也反对，按照沈廷扬的说法，即使岱山军抵达了杭州，也根本守不住，以弘光的尿性，说不定等不到援军到达他就逃走了。
从这件事可以看出，崇明岛上几乎所有的文武都对朝廷彻底失望。任思齐自己也知道，以岱山军现在的势力，根本做不到力挽狂澜，既然这样，还是呆在崇明闷头发展吧。
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多铎率领大军渡过长江之后，很快在南京与阿济格会合。然后按照摄政王多尔衮的命令，阿济格的西路军负责攻略江西湖广等地，而江浙一带则由多铎负责。
攻占了南京之后，阿济格及所部军队虽然没有屠城，却也抢了个盆满钵满。意得志满之下，阿济格率军撤离了南京，逆着长江西去，最后驻扎在九江。
阿济格率军离开之后，多铎立刻下令，分出属下一半的八旗兵给贝勒博洛，命令博洛攻向杭州，务必抓住逃到杭州的弘光帝，彻底消灭大明。
弘光政权在江南的军事力量本来就很薄弱，南都覆亡之后，江南各府县更是风声鹤吹、人无固志，纷纷望风归降。博洛所部沿大运河前行，水陆并进，于五月三十日进入常州。六月初三日，清军前锋到达无锡。一路上，清军几乎未遇到任何抵抗。直到苏州附近，才有小规模的战斗发生。
多铎入南京后，曾命降清的南明鸿护寺少卿黄家鼒为安抚使，前往苏州等地“索取降顺册”。五月二十五日，黄家鼒一伙人抵达苏州城外的虎丘，当夜，明苏州知府陈师泰弃城逃走。次日，黄家蠢等被迎入苏州城，官民们献上册籍，前来拜见。
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二十九日，明监军副使杨文聪率五百黔兵由镇江逃至苏州。杨文聪以前来拜见谢赏为名，进入城中，将黄家蠢等二十余人一同执杀。六月初四日，博洛所部清军骑兵万余人经无锡向苏州奔袭，杨文聪自知不敌，匆忙率部逃走。清军前锋“人各二马”，，是一支速度很快的骑兵部队，他们占领苏州后继续向东追击杨文聪。六月初八日，清军主力骑兵离开苏州，向杭州进发，苏州郊外农田惨遭清军蹂践。次日，博洛率军经吴江进入浙江嘉兴。六月十二日，清军兵临杭州城下。
弘光帝是五月二十六日乘坐郑鸿魁战船到达的杭州，而在三日之前，马士英护送着邹太后沿着陆路抵达了杭州。
由于南京朝廷一帮文武全体投降了满清，弘光到达扬州之后重建了朝廷。还是以马士英为内阁首辅，以浙江巡抚张秉贞为兵部尚书，以嘉湖道吴克孝接任浙江巡抚。封定海