特拉和她的也有继位权的儿子，亚历山大成为了马其顿王族中唯一健全的男性继承人。
被迫与腓力结盟的雅典和仇恨腓力二世的底比斯把腓力二世被刺看作是重新赢得独立的机会，开始展现出了不稳定的迹象；为了赢得希腊同盟的承认，公元前336年末，亚历山大带领军队采取表面同意议和，却暗度陈仓的策略进入原被腓力二世统治的色萨利，他被承认为色萨利新的世袭统治者，亚历山大之后南下，使得底比斯投降，雅典也再次臣服。
当亚历山大登位时，马其顿的国库紧缺，公元前335年，在科林斯重新得到除斯巴达之外的希腊城邦同盟支持的亚历山大出征马其顿北部色雷斯蛮族，为东征东方大陆稳固北部防线，并报复公元前338年当地特里巴利部落对腓力二世部队的偷击和战利品的盗窃。
希腊与波斯的敌对始于公元前6世纪，当时位于东方大陆的自由希腊城邦沦陷于向西扩张的波斯帝国；在爱奥尼亚叛乱和马拉松战役后，公元前481年，波斯帝国薛西斯一世在第二次波希战争时试图占领整希腊。
虽然薛西斯一世被打回波斯之后也再没有进攻希腊，但薛西斯一世在公元前480年火烧雅典卫城及其他被认为渎神的行为使得亚历山大时期的希腊政界仍存在着报仇和反攻波斯的声音，这也被腓力二世和亚历山大所利用。
以父亲被波斯人刺杀和“解放东方大陆上的希腊城邦”的口号，公元前334年亚历山大出征东方大陆，母亲奥林匹亚丝则留在佩拉执政，安提帕特也留守在马其顿，以约一万两千步兵和一千五百骑兵维持对马其顿王国内部的稳定。
亚历山大自己则是带着由马其顿王国和其他希腊城邦组成的三万余众步兵和四千余众骑兵越过了爱琴海；虽然他的出征弥补了腓力二世遗留给他的债务，空虚的国库却使他只带了30天的补给。
进入东方大陆以后，亚历山大的部队急需通过征服得到补给；而波斯帝国的希腊雇佣军统帅蒙农却是建议波斯总督焚烧周边的田地，但由于波斯帝国的总督怜惜他们的财产，未被采纳。
当时波斯帝国省份的三位总督，包括波斯皇帝大流士的女婿，集结了四万大军在格拉尼库斯河与亚历山大正面交战；亚历山大在格拉尼库斯战役中自己率领着近卫骑兵“伙伴骑兵”（皇家骑兵），率先与波斯骑兵交战，两位波斯帝国总督被亚历山大和他的“伙伴骑兵”们杀死。
亚历山大自己的头盔和帽缨也被其中一位波斯总督的战斧劈掉，另外一位波斯总督在亚历山大身后偷袭时被亚历山大的部将克利图斯杀死；为恐吓为波斯人效劳的希腊雇佣兵，亚历山大让部队于战场上屠杀了大部分希腊雇佣兵，其余被押回马其顿王国本土强迫劳动。
他将三百副波斯铠甲作为给雅典娜的祭品送回雅典卫城，带着如下题字：“来自亚历山大，腓力之子，和希腊人（除了斯巴达人）的奉献，从居住在东方大陆的野蛮人夺取。”
亚历山大的军队与波斯军队相比虽然是敌众我寡，尽管存在许多不利，但亚历山大仍对波斯军队致以一系列毁灭性的打击，取得了胜利；他的成功有三个主要原因：第一，腓力二世留给他的军队比波斯军队训练有素；第二，亚历山大是一位杰出天才将领；第三，亚历山大本人具有英勇无畏的精神。
虽然每场战斗初期亚历山大是在后方坐镇指挥，但他的方针是如果部队发动决定性进攻，他则身先士卒；这种冒险的战术使他屡次受伤，但士兵们看到他与他们生死与共，并不要求他们去冒那些他自己不愿冒的危险，这对鼓舞他们的士气影响巨大。
此战之后，他发现波斯的海军优势对他的后勤补给产生严重困扰，但是当时希腊又没有足够强大的