随着对织田部越来越紧密的控制，柴羽秀吉的势力已经是日本列岛上最强的一支，但是由于贫贱的出身，就算获得了曾经织田信长的权力，心中的自卑依然促使他想要做成一件大事，让所有人刮目相看，对他来说，此时他内心的使命便是统一日本......为了塑造自己是日本之主的形象，于是在1583年的时候，秀吉在石山本愿寺的旧址上建大坂城，当时到访的大友宗麟将它称为“战国无双的城”，然而就在秀吉信心满满准备开始统一战争的时候，修建大阪城的次年，与其合作的织田信长次子织田信雄联合德川家康开始反对秀吉，羽柴军便与两人展开史称“小牧·长久手之战”的战事。此战之初拥有兵力优势的羽柴军直扑德川领地，双方对峙于小牧山，为打破僵局，秀吉派池田恒兴等率部偷袭德川家康领地三河国，但遭到德川家康伏击，池田恒兴以及有“鬼武藏”之称的大将森长可战死，在战况失利的情况下秀吉竟然凭借惊人的外交手腕降伏了织田信雄，家康被迫退兵。德川军与羽柴军达成不战和议，家康派出次男德川秀康作为人质。
在彻底解决了内乱与后方战线后，即1585年，秀吉派遣其弟柴羽秀长、小早川隆景等将领攻打刚统一四国的长宗我部氏，利用兵力的差距迫使其归降并仅保有土佐一国。另外，秀吉派遣藤堂高虎为首的部队，平定了杂贺众，首领铃木重意被斩首处死。此外，秀吉派重兵攻打越中国佐佐成政，开战派大军包围，佐佐成政不战而降。同年丰臣秀吉希望成为征夷大将军，但在公卿的劝阻下转而向朝廷索取关白的封号。但是，由于其出身贫贱，姓氏并非大姓，不符合就任关白的条件，为此秀吉一度打算认前关白近卫前久为义父，得到“近卫”姓氏。7月11日，朝廷允其成为前久的犹子并就任关白，并应其要求赐予新的姓氏“丰臣”。于是，太阁大人自此成为实际的掌权者，在日本实际上至高无上了。
次年9月9日，“丰臣氏”也由此成为继“藤原氏”、“源氏”、“平氏”、“橘氏”等四大姓氏之后的第五大姓氏。不过“丰臣”未能象其余四大姓那样发扬光大，因为它只传了两代就绝嗣了。在得到“丰臣”之姓后，这位曾经无姓氏的贫贱农民，改名为丰臣秀吉。丰臣秀吉将其妹朝日姬嫁与德川家康，作为德川家康正室，将自己的母亲大政所送回德川家康身边成为人质，德川家康此后臣从丰臣秀吉。12月25日就任太政大臣。同年，九州大名大友宗麟向丰臣秀吉请求支援。1587年丰臣秀吉进行了九州征伐，派遣丰臣秀长率领大军攻击岛津氏的支城，降服岛津氏。战后岛津氏被分配到萨摩和大隅两国。同年禁止基督教，首开日本闭关锁国先河。次年丰臣秀吉开始实行“刀狩令”，加强了兵农分离的政策。从天正1589年到1590年一年间，丰臣秀吉又发动小田原之战，灭后北条氏，基本上统一日本。
1589年后北条氏的家臣猪俣邦宪夺取了真田昌幸管辖下名胡桃城，导致丰臣秀吉下令全日本大名讨伐后北条氏，不服从者将会受到失去领土的处分。丰臣秀吉率20万大军向后北条氏攻击，攻陷北条各个支城，逐渐向小田原城包围。7月北条氏政、北条氏直父子开城投降。氏政、氏照两兄弟切腹自尽，氏直被流放到高野山，战后丰臣秀吉为各大名分封新的领土。
1591年丰臣秀吉将关白之位让给外甥丰臣秀次，自称太阁，于是本故事的太阁大人便出现了。随后太阁大人开始进行他人生中最后一场日本国内战争——平定九户政实之乱。派遣了蒲生氏乡、浅野长政及石田三成联同东北地方大名平定九户政实之乱。同年，丰臣秀吉命令茶人千利休切腹自尽，至今都无法知道其中的原因。
统一日本之后的丰臣秀吉，开始实施他的政治抱负，在他有方的治理下，日本逐渐从战乱中恢复过来，