下一步就要开始抽查士兵识字的情况了，王体乾赶紧跪下说道：“圣上，奴婢犯了欺君之罪，请圣上处罚。”
朱由校很奇怪，问道：“什么事，起来好好说。”
王体乾不敢站起来，叩头说道：“上次陛下问三个月每个兵卒认一百个字有没有难度，奴婢说没有，而现在奴婢已经用了五天，还有很多人两个字都认不了。”
“一天认一个字，五天也能认五个字，怎么可能两个字都认不了呢？”
“奴婢是让他们每天认一个字，可是第二天他们就把前面认的字忘记了，很多人都只能认得当天学的那个字，所以五天也只能认一个字，奴婢想如果是十天半月，只怕也只能认一个字。”
“起来吧，你想错了，越到后面，他们认字就会越容易，三个月没到，你怎么能断定他们不能认一百个字呢？再说，他们认不到一百个字，也不能算你欺君的，你是按照你自己的来估计他们的水平，又不是故意欺骗于朕，有心欺朕才是欺君。”
“圣明无过圣上，奴婢谢主隆恩！”王体乾又叩了几个头才站起来，抺去了头上的冷汗。然后叫来几个学得比较好的给皇帝检查。
王体乾拿了几张大纸，一张上面一个字，然后给那几个士兵看，士兵们读：“一”，“切”，“为”，“了”，“皇”，“上”，“大”，“明”。这家伙倒是会拍马屁，首先让士兵认的字是“一切为了皇上，一切为了大明”。这马屁拍得朱由校是龙颜大悦，魏忠贤偷偷对着王体乾竖起了大拇指。
朱由校表扬了王体乾，然后对杨光夔道：“你们一起合议一下军制，如果有统一意见，就报给朕，如果有不同意见，各自一一写明再报给朕，这是一个新兵种，要结合这种武器的特点来制定军制。等士兵基本训练完成后，根据他们的训练成绩和文化成绩来选各级军官。”
第三天杨光夔将奏折呈了上来。这次倒是只有一种意见：一队十一人，设队长一名，伙夫一名，三队为一旗，设旗总一名，三旗为一司，设百总一名，并有炮兵二十名，带虎蹲炮六门，灭虏炮两门。三司为一局，设把总一名，三局为一营，设千总一名，军法官一名，并有炮兵十五人，带重型佛郎机炮三门。一营共一千一百二十六人。
基本上是参照戚继光的编制来的，朱由校不想要这样的编制，于是找来杨光夔几个，重新提要求，最后就成了这个样子：一队十一人，设队长一名，三队为一旗，设旗长一人，副旗长一人，三旗为一司，设司长一名，副司长一名，军法官三名，并设一伙夫队共十人，医官一名。三司为一局，设局长一名，副局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，信号员三名，一营共一千一百人。
至于炮兵，则是建专门的炮兵营，一队十三人，带三十斤虎蹲炮六门，设队长一名，三队为一旗，设旗长一名，并加百斤灭虏炮六门（二十四人），三旗为一司，设司长一名，副司长一名，教官一名，并加重型佛郎机炮六门（三十六人），三司为一局，设局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，军法官一名。一营共二千零八十五人。
至于骑兵，也是按照步兵的编制组建骑兵营。
然后就是辎重营，这个以前是没有的，但朱由校觉得这个很重要，所以将京营青壮挑选后，体质稍差的转为辎重兵，编制很简单，十人一队，设队长一名，三队为一旗，设旗长一名，军法官两名，三旗为一司，设司长一名，三司为一局，设局长一名，三局为一营，设营长一名，副营长一名，一营共九百零五人。辎重营有的是分配在炮兵和骑兵中的，一个炮兵司分配一个辎重司，一个骑兵局分配一个辎重司。也有的辎重营是单独成营，负责弹药粮食的运输。