他询问过徐光启南京教案的基本情况。万历四十四年，事礼部侍郎署南京礼部尚书沈榷三次向皇帝上奏攻击基督教，在奏疏中他认为基督教教士有三大罪：一、传教士送礼物给中国人是为了收买人心，以便在适当时候可以倾覆中国。二、传教士曾帮助中国修历，推算日蚀、月蚀等日期。沈灌认为传教士以西洋方法治历，违反尧舜以来一向的做法，是有意变乱中国传统。三、沈榷指控传教士破坏儒家文化，教导人不拜祭祖先，这更是中国人不能容忍的。甚至说在华天主教传教士与白莲教有染，图谋不轨。朝廷在各方的压力下，只好下令禁教，勒令将传教士驱逐出境。于是传教士有些被杀，有些下在监狱里，日后又被驱逐到澳门，教堂也被捣毁。徐光启曾经上疏为教士辩护过，但最后还是没有成功。
沈榷的理由当然不是都正确的，但他所说的第三点是大明人最不能容忍的，中国人有祭祀祖先的传统，而基督教反对祭祀祖先，当然会引起大多数人的反感。利玛窦对于中国教民祭孔祭祖都是不反对的，而在利玛窦去世后，接替他的龙华民教士错误地估计了形势，觉得现在形势一片大好，认为现在传教应该不再会有被驱逐出境的危险了，以前对中国祭孔祭祖的行为容忍是不对的，大力宣扬应该不准许中国教民祭祖，这才导致了南京教案。
金尼阁其实是比较赞同利玛窦的传教方法的，他从欧洲运来七千部书，其实就是利玛窦主张的学术传教：先用西方的学术来吸引中国人，然后让他们接受西方的宗教就会容易得多了。但龙华民是他的上级，也一直都很欣赏他，而龙华民在大明基督徒祭孔祭祖以及一些基督教字词的翻译方面有他的坚持，他虽然对龙神父的坚持不是太以为然，但至少现在双方关系还是很不错的。虽然他知道南京教案与龙华民的传教策略有直接关系，但是要他直接批评龙华民，重回利玛窦的老路，还是有些困难的。
现在皇帝直接指出南京教案是传教士这一方的原因，那就是直接告诉他，皇帝对他们的传教教义和某些传教方法是不满的，而在这个国家里，皇帝的态度可以直接决定传教的成果甚至是传教能否进行。
“尊敬的陛下，使臣上次回去曾经禀告我们的教皇，教皇已经准许我们将《圣经》翻译成中文，并可以用中国话进行圣事，我们是非常想在大明传播神的荣光的。”
“你倒是学会了避实就虚呀，如果不修改教义，你们在大明的传教是不会取得很好的成绩的，你们自己好好的想一想吧。朕准许在京师建一座教会图书馆，你们带来的书翻译以后就放在这个图书馆里，如果你们自己商量好了准备修改教义的话，再和朕来说吧。”
“谢过睿智的陛下的大恩，使臣会听从陛下的建议，修改教义的，不过时日可能需要较长，因为我们要向教会汇报才行。”
“好吧，朕对你们的书籍很有兴趣，希望能早日看到这些书变成我们的语言。”朱由校翻看着目录说道。
“朕已经专门设置了翻译局来将这些书籍翻译成我们的文字，这个过程需要你们的帮助。另外，朕想要设置一所新的学校，教授的知识主要是你们擅长的机械方面，也请你们对课程设置和教学方法提一些建议。”
金尼阁自然是无不应允，这些事对他们传教有利无害，自然是求之不得。
朱由校说完后，就让他们呈上远望之镜，拿起来看着前方，殿门近在眼前，而正在门口无聊地打呵欠的小太监都看得清清楚楚。他递给徐光启道：“先生看看，很有意思的。”
徐光启接过后，学着皇帝的样子来看，只是眼前突然出现一个硕大的眼睛，吓了一跳，却是朱由校走到远望之镜前面，故意对着前面的镜头。
朱由校哈哈大笑，徐光启对皇帝