自从大学城开始修建后，朱由校就已经在准备招收学生的事宜了。这事是礼部负责的，所以他找来了内阁诸人及户部尚书徐光启，礼部尚书孙慎行。
见礼后大家就座毕，朱由校说道：”朕有一个想法，想要和各位爱卿商量一下，就是科举改革的问题，朕觉得我们现在的科举方法取得的进士太少，不利于朝廷对全国各地进行管理。“
这话一说，孙慎行不乐意了，他起身道：”陛下，三年一次科举，每次可取得近三百进士，已经不少了。物以稀为贵，进士取得太多，就会让人觉得进士亦不过如此。“
朱由校笑道：”孙卿觉得一年一百多人能治理好各地吗？“
孙慎行道：”臣以为一年一百人，就已经足够治理全国各地了。“
朱由校不再理他，转而问徐光启：”徐尚书，现今我国的县有多少个。“
徐光启站起来说道：”回陛下，现今我朝共有两京十三布政司，共有一百四十府，一百九十三州，一千一百八十三县。“
”那一般由进士担任的官员职位大约是多少？“
徐光启道：”户部统计册上，这样的职位大约是五千八百六十人。“
朱由校又对孙慎行道：”孙卿，按一位进士可任职三十年算，三十年只能有三千位进士，你觉得够吗？“
孙慎行道：”陛下所问徐尚书的是一般进士担任的官职，其实这些官职也有很多是由举人担任的，举子可以候补为官，所以并不需要多加进士名额。“
朱由校道：”举子任职，是由本人自愿于吏部登记以待补缺，举子任职，并不一定就不如进士吧？朕记得海太保就是举人出身。“
方从哲出列道：”陛下所言甚是，海刚峰就是举人出身，最后做到右佥都御史，且民间有海青天之誉，可为我等楷模。“
海刚峰就是海瑞，他确实是个大清官，所以其它人一听，也都附和方从哲的说法。
孙慎行则是不出声，朱由校又道：”既然举子亦可为官，那下层小吏呢？可否从生员中选取呢？“
孙慎行大声反驳道：”陛下，我大明开国以来，皆以进士为尊，举子为官本为少数，而生员为吏，则其颜面何存，请陛下让生员们还是按部就班地科举而上吧。“
在这个时代，进士当然是最高的存在，但举子比之宋时已经强了很多，因为中举后就有了做官的资格，虽然仕途比进士差了许多。所以范进中举后才会兴奋成那个样子，但举子面对进士，有一种天然的自卑感，明朝就出现过举人出身的正官管不了进士出身的下属的情况，当然，大多数时候是进士是上官，举子是下属。
朱由校又问徐光启道：”三年举子有多少人？有多少人直接为官？“
徐光启答道：”回陛下，举子一千人，大多数举子都想再考进士，为官者十中无一。“
朱由校说道：”孙卿你看，每三年为官者不过四百人，明显人数不够，而且最重要的是，朕接到东厂报告，各处地方，为害于民者往往是小吏居多，民间有一句话：任你官清似水，难逃吏滑如油，不知道诸卿可否听过？“
各位大臣低头不语。朱由校道：”朕决定让生员即可为吏，终究是读了圣贤书的，至少残害生民的情况会少一些吧。“
方从哲道：”陛下，生员于家中读书，从未接触过县中各处事宜，如何是那些积年老吏的对手。“
叶向高和徐光启也觉得这是个问题，朱由校道：”当然不能直接让生员去为吏呀，先要经过学习才行。朕在王恭厂修建了京师大学堂，讲授实用之术，专门用来培育人才。“
孙慎行道：”陛