另外，如果想要报考京师大学堂也行，只需要写一纸声明，表示不同意东林书院的理学观点，而拥护朕所提倡的心学，那么还是可以报考的。”
叶向高道：“陛下，老臣看陛下平日所说，便是要听百家之言，东林虽然与陛下所持相左，不也是可以为他山之石吗？”
朱由校笑道：“叶师，您所说的正是朕所想的，确实是要听百家之言。但听取百家之言，是朕最后的目标，在实现这个目标的过程中，如果有人或者团体与朕看法不同，朕是不会听的。朕对东林人的看法与叶师，与朝中众臣都有不同。不是说出自东林书院的人就是东林人，而是只要与朕的想法相左的就是东林人。”
“朕想要限制皇权，朕想要让每个人都平等，朕想要这天下的官员都不贪污，哦，这个是不可能的，但是可以想办法，让他们不敢贪污，一贪污就会被捉住。这些都是朕的想法，而要实现朕的想法，那就首先要树立朕的权威。要让朕说的话，天下人都拥护，当然，全部拥护是不可能的，但作为读书人，至少不能公开反对。”
“叶师自然知道《东林会约》，里面规定以会籍登记书院讲会同人，会中称同志友、同志、吾党、各郡各县同志、同志会集等，他们集在一起，讽议朝政，裁量人物，这还是学院吗？这是要讲学吗？这是要公然与朕作对。试问叶师，如果您坐在朕的位置上，您能容忍吗？”
“本来朕是准备禁毁东林书院的，但后来想了一下，东林人也并不是全部如此，象叶师，孙阁老都是明白人，如果禁毁书院，则会让诸位面子上不好看。所以最后才决定用这样的方法要警示他们，希望他们不要做得太过火。”
朱由校其实说得已经是比较隐晦了，如果真的禁毁东林书院，则大臣们一定会攻击叶向高和孙承宗等人，必让他们下台才安心。
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