牙帝国的加泰罗尼亚、亚拉冈、纳瓦拉、葡萄牙的自治权，强化中央集权。
西班牙人提高了对葡萄牙商人的税率，大量的实权岗位被来自西班牙的贵族占据。这引起了大量的葡萄牙人的不满，他们把希望寄托在塞巴斯蒂昂的合法继承人布拉干萨公爵身上，而这两个人就是布拉干萨公爵的亲信，他们在世界各地寻找葡萄牙人的支持者，准备发动驱逐西班牙人的战争。
面对这种情况，黄克缵当然非常高兴。葡萄牙人在东南亚只有现在一块殖民地，就是马来群岛的地问岛（东帝汶），其它如马六甲印尼等地则为西班牙和荷兰人占据。双方协定，先攻击西班牙占据的吕宋，具体目标便是马尼拉。
葡萄牙人从澳门出动了二十艘船，先来到大员与明军汇合。而明军共出动了船只一百八十艘，其中有福船十艘，于十一月十二日从大员出发，兵发马尼拉。
明军士兵分两部分，海军共七千人，陆军共一万人，海军统领是陈厚甫，陆军则是由桂率真任师长的大明皇家海军陆战队。
在葡萄牙人的带领下，大军到达了马尼拉外海。这时西班牙人大惊，派遣使者前来询问。
陈厚甫接见了使者。使者通过舌人（翻译）问道：“大明军队前往马尼拉，是要干什么呀？”
陈厚甫沉着脸道：“万历三十一年和万历三十七年的事你们忘记了吗？”
万历三十一年，大明朝廷派人前往吕宋机易山勘矿（因为吕宋是大明属国），西班牙人这时已经占领了吕宋，认为大明将要对西班牙人开战，于是以高价尽收铁器，华人贪利，使得家无寸铁，西班牙人便命录华人姓名，集中在一起，三百人进一个院子，分批屠杀，共杀了两万五千多人。万历三十七年，西班牙人又因华商抗议商税过重，再一次举起屠刀，又杀了两万多华人。使者一听，就明白了大明出兵的原因或者说是借口了。
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