利用这次机会，发动了甲午战争。而在甲午战争期间，袁世凯的主要职责是在辽东前线协助周馥，协筹淸军的转运粮食饷械工作。而在淸军战败之后，大批脱离了部队建制的溃勇，为害甚巨，滋扰百姓，甚至抢掠官军军需运输队。袁世凯运到前方准备用于武装朝鲜义勇的二千杆枪，亦遭哄抢。因此袁世凯自募勇武，严密缉查，截查收容溃勇，恩威并用，择其尤甚者杀数人，以儆效尤，其余大多数，则酌给川资或押返回部队。在整个甲午战争其间，李鸿章对袁世凯收集溃勇的工作甚为满意。
这些事情也让李鸿章对袁世凯的印像颇好，认为袁世凯是一个有能力、有胆识、可做为、敢担当的干材，日后也必然可成为朝廷的可用之材。甲午战争结束后，李鸿章、联同刘坤一、王文韶联名上奏折保荐袁世凯可堪大用，因此袁世凯才得以正式入主天津小站，开始用西法编练中国首支新式陆军。可以说没有李鸿章的扶植，也没有袁世凯的今天。
对于袁世凯的举动，李鸿章到也能够理解，他久历官场，当然知道掌握地方大权的重要，而眼看着海外华人要来抢夺自己的地盘，任谁也咽不下这一口气，只是现在的大势如此，袁世凯对海外华人没有任何胜算，而且如果袁世凯因为和海外华人发生冲突，而导至从此失势，李鸿章也认为未免可惜了这个人材。
李鸿章心里清禁，庚子国变基本结束了，等朝廷回归北京之后，自己肯定会入主军机，执掌朝政，而现在自己还挂着的直隶总督、北洋大臣等虚职也肯定要另换人选，因此李鸿章打算向朝廷推举袁世凯接任直隶总督、北洋大臣，或者是出任总理府衙门。
于是李鸿章发电袁世凯，一方面告戒袁世凯，不要和海外华人再发生冲突了，一方面也暗示袁世凯，等朝廷恢复之后，自己会推荐他入朝为官，山东这块地方，就让给海外华人算了。
李鸿章的意思，袁世凯自然完全明白，虽然李鸿章没有明说会推荐袁世凯的官职，但袁世凯大体也能猜得出来，袁世凯己是一省的巡抚，如果要再进一步，要么是晋升总督，要么就是入主京师为官。
总督、巡抚同为地方大员，但总督的职权范围无疑要比巡要大得多，从品级上来说，总督的官阶为正二品，如果加兵部尚书衔，或兼都察院右都御史衔，则可高配至从一品；而巡抚的官阶为从二品，如果加兵部尚书衔，则可高配至正二品，总督官衔始终要略高于巡抚。清廷将全国划分为23个省，每个省设一名巡抚，而清朝在地方上常设的总督只有八个，计有：直隶总督、四川总督、闽浙总督、云贵总督、陕甘总督、湖南湖北总督、两江总督和两广总督，后来又设东三省总督，除四川总督之外，其余总督都是管辖着2、3个省。而一地同有总督、巡抚时，都是由总督节制巡抚。
不过现在9个总督中，8个都已经有人，一般朝廷也不会轻易更换，只有直隶总督由李鸿章暂时挂个虚名，不过直隶总督虽为9大总督之首，但因地位特殊，不能完全算是地方大员，严格来说，应是算半地方、半中央的职务，因此这次提升，袁世凯是铁定要入朝为官，当然除了直隶总督以外，入朝之后，袁世凯还有几个不同的去佝，要么是进入军机，要么是出任总理府衙门或北洋大臣，也不排除会同时兼任其中的几个职位。
但无论是那一种，对袁世凯的世途来说，将是一次极大飞越，毕竟袁世凯才刚刚出任山东巡抚二年，就一跃入朝，执掌大权，相比之下，放弃山东，也就算不了什么了。而随着袁世凯的晋升，这些幕僚们自然也是水涨船高，终于等来了出头之日，因此众人听完了徐世昌的电报之后，心里也都颇为激动。只是有些不明白，袁世凯为什么会有愤恼的表情。
袁世凯考虑的要比众人更深一层，自己能够高升自然是好事