将这一次事件的性质确定下来，那么后面的处理方式也就好办了，领导指挥叛乱的首脑人物将被公开审判，处刑，以警告其他的势力，而参入过叛乱的兵丁、旗人及家属全部迁出满城，押送到武定府，在新建的东营农场里服刑，实际就是参加新农场的开荒垦殖工作。东营农场位于黄河入海口，是黄河三角洲冲击平原地形，土地肥沃，旧时空里，中国在这里修建了规模庞大的农场，属济南军区管辖，因此兴建东营农场，也列入五年计划的內容，正好有这样一批免费劳动力，那能不加以用呢？
而在青州北城剩下的人口，无论是权贵平民还是包衣，在政治上一率平等，并全部按照土地改革的原则，该收的收、该分的分，并且全部纳入到华东政府的行政体系中，另外由于大量的旗人都参入了叛乱，因此城里会空置大量的房屋，以后将逐步向北城迁居人口，实现满汉混居，打破满汉之间的隔离，彻底清除满人的独立性。
也有人建议干脆拆除了北城，甚致连青州的城墙都拆除算了，一来是在现代战争中，城墙基本没有什么大用；二来是这样其实也就打破了满汉之间的隔离，在旧时空里的青州市实际就是包括了北城的。不过现在华东政府在山东的统治正在进行当中，行政、治安体系都还不完善，在这种情况下并不宜马上拆除各地的城墙，但可以下令城门全天开放，居民人等可以自由出入，无行政命令不得设置阻碍。
再就是正式成立青州地方政府。原来华东政府对于除青岛、济南以外的山东其他府州是釆取农村包围城市的策略，即先在城市以外的农村完成土改工作，借机建立基层的行政体系，然后再控制县城，最后才是控制府州一类的大城，这一来是在山东建立实质的统治，而且暂时保留清廷的地方官员，也是避免在初期过度刺激清廷；二来也是让穿越者们积累地方管理经验，这样循序渐进的发展。
但现在青州发生叛乱，人民军都己经开进了青州城里，也就不能再按以前的计划步骤按部就班的进行，必须像济南那样成立青州地方政府。而这就需要从济南、青岛抽调一些有城市管理经验的穿越者到青州去任职，因此人员的调遣安排也要列入计划中。
而对付清廷的决议是双管齐下，首先是以山东巡抚的名议上折清廷，将这次青州叛乱定性为造反，华东政府是出兵平乱；而在私下里则是和清廷进行交涉，指责文瑞反对穿越者在山东的统治，要求清廷承认穿越者的行动，将青州驻守八旗军的行为定为造反，这样双方就都有台阶可下。这样也可以告戒山东的各地方官员、势力，在这一亩三分地上，朝廷己经沒有任何权威，只能为华东政府背书。
虽然穿越者和清廷己经达成了协议，山东实际是等于独立了，但在名议上穿越者仍然是清廷的臣下，并且还受封山东巡抚，这就给了山东的地方官员、地方乡绅们一个错觉，认为朝廷对海外华人还有一定的约束力，甚致是能对山东的事务进行干涉。而这样一来就容易对清廷抱以不切实际的幻想，认为朝廷早晚会收拾海外华人，或者是把事情闹大，朝廷就会出面管一管海外华人。
尽管穿越者在山东的统治一直都在，尽力淡化清廷的影响，但毕竟是时间尚短，去清廷化的成效还并不明显，这次青州之乱，正是因为文瑞等人还怀着这样的幻想才发生，如果文瑞知道清廷在山东的形响力基本为零，恐怕就不会轻举妄动了。而穿越者正好可以借这一次事件，打消人们的这种不切实际的幻想。
当然如果清廷拒绝认定青州驻守八旗军造反，相反还想借机打击、削弱穿越者在山东的统治，那么华东政府也就不客气，索性正式独立，不在承认清廷。
虽然这样的后果对双方都不利，但相比之下，清廷更无法承受这个结果。因为对华东政府