在(圣塔菲协议)还在扯皮之时，斐迪南的视线就已经暂时从哥伦布身上移开了，他有一件比较棘手的事情摆在眼前。
回到1492年1月5日，当那个花白胡子的宫廷学者被哥伦布气的直翻白眼时，格拉纳达城中，斐迪南正在和伊莎贝拉讨论历史上不久就要实行的异端裁判所对犹太人的迫害。
说实话，从国家整体来看，西班牙的宗教裁判所利大于弊，它远不像后世认为的那么黑暗，黑暗的传闻是新教改革运动时期，新教人士以及被驱逐犹太人对西班牙的污蔑与抨击。这是因为十六世纪新教改革运动没有在西班牙和拉丁美洲取得任何进展，尤其是在西班牙。为什么？因为在伊莎贝拉治下开展的教会改革运动已经在反宗教改革运动开动之前许久就铲除了天主教会的许多最严重的弊端。也就是说，伊莎贝拉在这方面的追求与功绩和新教改革派是一样的，你就算不夸她也不该骂啊。但是屁股决定脑袋，新教改革派和犹太人(后者的指责有一定依据)的利益受损了，我不管你干不干好事，你就是黑暗残忍的宗教统治！说到这里斐迪南又感觉自己的前任给自己丢脸了，历史上，制造冤假错案的大工厂不是卡斯蒂利亚而是阿拉贡，在斐迪南毫无道德原则的贪婪领导下，异端裁判所成为了斐迪南在阿拉贡剥夺所谓异端财产的敛财工具，杀人冤案无数，引得民众不断反对。所幸，也许是不幸，1485年一名宗教法官在祈祷时被一名不堪阿拉贡异端裁判所迫害的改宗犹太人刺杀，被人们视为圣徒。因而阿拉贡主流民意转向支持异端裁判所。
引发争议的是1492年驱逐犹太人和1502年驱逐摩尔人的举措，后者干得漂亮，在欧洲，和平教徒还是越少越好，和平教也不是一无是处，但是还是别跟欧洲本土居民混在一起，后世已经提供了宝贵的反面教材。
但是马上就要发生的1492年3月下令不皈依基督教的犹太人必须离境的事情马上就要发生，这个事情让斐迪南犯了难。1492年以前，公开犹太教信仰的犹太人并未受到迫害，相反许多改宗犹太人受到审查，怀疑他们是否假装皈依(这种情况确实多有存在)，但是改宗犹太人很多都在西班牙财政部门中占据重要地位，高到女王的财政顾问，低至小镇的税吏，不少小镇的税吏全是改宗犹太人，瓜达卢佩城一度有十分之一是改宗犹太人。
犹太人并不足以撼动西班牙的根基，但是！斐迪南担心他们对美洲的殖民地的威胁！历史上，西属美洲殖民地基本上被牢固控制在西班牙政府手中，犹太人影响力不大，但是这一状况的前提是1492年驱逐了卡斯蒂利亚和阿拉贡几乎全部的未皈依犹太人。历史上的驱逐犹太人和摩尔人尽管让西班牙的经济遭受损失，但在伊莎贝拉的角度上，它化解了国内的宗教纷争(当时基督徒与改宗犹太人的矛盾已经显露，国家一度陷入宗教狂热)，塑造了一个宗教统一的国度。宗教宽容并非普遍的概念。西班牙由此形成一个统一的坚强力量，为开拓美洲殖民地打下了坚实的基础。
如果斐迪南只想保守历史上的拉丁美洲，那么他可不在乎犹太人，在南美那帮家伙翻不了天，但是斐迪南最看重的是北美！是美利坚和加拿大！他要征服整个美洲！如果能够占领美国本土全境并将其划为领土，哪怕放弃整个拉美又怎么样！一旦控制了从五大湖到加利福尼亚八百万平方公里的丰饶的美国本土，再配合16世纪西班牙领先世界的军事实力，那就是永远的超级大国！就是永远的！美国本土充当大资源产地、大农场和大牧场和未来的工业基地，伊比利亚半岛提供战略基地和军事力量和人口优势，哪个国家能挑战西班牙呢？何况斐迪南可是要征服整个美洲啊！
可是北美的环境和拉美不同，斐迪南是会吸取历史上英国的教训的，他准备远离欧洲的