军便改以赵弘为帅，以十多万人占据宛城。而皇甫嵩与朱隽军继续进击汝南、陈国的黄巾，追击波才到阳翟，最后在西华大败彭脱，余军想逃到宛城，但孙坚登城先入，众人蚁附般推进，大破敌军，成功讨平豫州一带的黄巾军。另一方面，卢植数战间大破张角，斩杀万多人。
张角唯有撤到广宗，卢植建筑拦挡、挖掘壕沟，制造云梯，将可攻下城池。正值灵帝派左丰视察军情，有人劝卢植贿赂左丰，但卢植不肯，左丰便向灵帝诬告卢植作战不力。灵帝大怒，用囚车徵卢植回京。京师唯有下诏再重新调整：皇甫嵩北上东郡；朱隽则攻南阳的赵弘；而以董卓代替卢植。而同样宗教形式的五斗米道在巴郡叛变，领导人“五斗米师”张修攻打郡县，但未受到汉室重视。
6月至8月，朱儁与荆州刺史徐璆及秦颉共一万八千兵围攻赵弘，不克。京师有奏议徵朱隽回师，幸而张温上表说情，灵帝才不行此议。但朱儁仍急攻赵弘，终杀赵弘，后由韩忠代替。朱隽又因兵少不敌，便扩大防围、建筑阵垒，堆砌土山观望城内。朱儁军鸣鼓攻打西南，黄巾军被引开，朱儁则亲率五千精兵掩杀东北，偷袭敌人后方，攻入城池，韩忠唯有退保内城。
黄巾军受挫，士气低迷，向汉军乞降。张超、徐璆和秦颉都认为可以接受，但朱儁认为如接受的话，会给百姓有利为贼，无利乞降的错误观念，便不接受并急攻敌军，可是数战也不能攻克，朱儁登上土山观望黄巾军，明白黄巾军没有退路，而尽力一战，所以未能攻克。朱儁便解开围军，韩忠果然出战，被朱儁大破，朱儁向北追击韩忠数十里，斩杀万多人，韩忠投降，秦颉一向与韩忠不和，便将他杀死。这举动反令黄巾军不安，又推孙夏为帅屯兵宛中城。朱隽再次急攻，于11月癸巳日，孙夏败走，汉军追至西鄂精山，又被大破，斩杀孙夏及万多人，黄巾军解散，平定宛城一带。并于185年春月班师回京。
而在同年8月，皇甫嵩到达东郡仓亭，大破、生擒卜己，斩杀七千多人。而董卓进攻张角不成功，无功而还，便在乙巳日要求皇甫嵩继续北上。
10月，张角病死。
汉军见机急攻张梁，张梁军犟，于首战不能攻克。在明日，皇甫嵩闭营与士兵休息，另一方面派人观察敌军举动，黄巾军战意稍为松懈，皇甫嵩便乘夜率兵，在黎明时份突袭敌阵，战至下午，成功大破敌军，斩杀张梁及三万多人，于逃走到河堤时溺死的也有五万多人，焚烧车辎三万多辆，虏获人数甚多。而张角则被破棺戮尸，运首级回京师。
11月，皇甫嵩与巨鹿太守郭典攻打下曲阳，成功斩杀张宝，俘虏十多万人。黄巾之乱平息。
185年1月，历经两月多议，终定封赏，下达各州、郡、县及各人。
伊藤成于此期间外派各州各地之各军士精英但凡幸存者皆有提升，各进爵职不等，成一方之器重。
2月，京师洛阳发生火灾，南宫被毁。宦官中常侍张让、赵忠等劝灵帝税田亩以修宫室、铸铜人。于是灵帝诏令天下，除正常租赋之外，亩税十钱助修宫室。又诏发州郡材木文石，运送京师，宦官从中为奸，刺吏、太守复增私调，百姓怨恨。
此外又规定，刺史、太守及茂才、孝廉迁除，皆要交纳助军修宫钱，除授大郡者要交纳钱二、三千万。新官上任前，皆须先去西园讲定钱数。届时交请，或有无法交齐而自杀者。故新官到任，必竞为搜刮百姓，聚敛财富以为补偿。百姓因此怨声四起。
同月，百姓不堪重压，一时俱起，西及益州，南至交趾。中原地区有山、黄龙等义军数十股，大者有兵二、三万，小者六、七千，后青州黄巾军众逾百万，黑山军亦众至百万。义军攻打郡县，诛杀官吏，声势浩大，此起彼伏，形成