有三种。
第一种提取船上文物后，拆解打捞沉船。
第二是采用围堰抽水，进行考古发掘后再打捞沉船。
最后一种是使用特制沉箱，将沉船、文物与其周围海水、泥沙，按照原状，一次性吊浮起运整体打捞。
当时，为防止长江口二号古船遭到自然与人为破坏，专家建议需尽快打捞出水，并移入固定场所进行考古发掘、文物保护、研究及展示利用。
由于长江口水体浊度极高，水下能见度几乎为零，平潮工作时间又很短，无法完成科学的水下考古测绘、拍照作业。
同时，水下考古和建造围堰所需时间和成本巨大，围堰后考古还将长时期阻碍航道。
因此，大海市文物局在听取专家意见，评估沉船面临的风险，综合分析三种考古和保护方式后，决定对长江口二号古船采取整体打捞的方式。
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打捞方式确定了，打捞方法也至关重要。
当时的工作人员，针对长江口泥沙含量高，且水流速度快，及古船及其周围环境的特殊性，专门设计了打捞方法。
负责这次古船打捞任务的专家，决定采用世界上前所未有的创新方案——弧形梁非接触文物整体迁移技术，来打捞这艘古代沉船。