自政变以来，司徒王允一直留在尚书台视事。
根据吕布在前线的推进进度，他不断地更换三辅地区的各级官员。短短一月之间，三辅的官员更迭多达二百余人，而其所用所出，多是出自于原司徒府。王允日以继夜地安排这些政务，也终于可以说，他对三辅地区的掌握，恐怕是董卓也不能比拟的。
等到月末，司徒终于收到他想要的消息：吕布成功攻占郿坞，并将董氏族人尽数族灭。这使得他长舒一口气，马日磾、士孙瑞等人也对司徒恭贺道：“攻破郿坞，董氏灭亡，总算是还天下一个朗朗乾坤了。”
但不料王允丝毫不见欢喜，表面严声厉色，竟说道：“董氏执政三年，为祸的岂止是这些人而已？我们身为国家重臣，正要除恶务尽！请诸公千万莫要懈怠！”
王允这番话自是有他的道理。吕布已在书信中向他说明，攻破坞堡后董氏还有三人失踪，不过三人年龄太小，难以成事，也不足为虑。重要的还是在河东的牛辅军团，牛辅身为董卓仅存的女婿，是剩下的凉人天然的首领，一日不除牛辅，凉人便可能拥立牛辅为主，继而造反复仇，朝廷也便一日不能安宁。
只是当如何除去，这却是一个问题。司徒与百官商量此事，他的本意原本是想让公卿与他联名上表天子，宣布牛辅为叛逆，而后商议计策，如何派兵征讨。孰料朝会上他还未说出意见，诸如赵谦等人的大部分朝官都说：牛辅在朝野里对我等还算和善，不如先招抚一番，若其识得大体，又何苦妄动干戈呢？
众人议论之下，很快连使者的人选都商议好了，等他们询问王允的意见时，看见的却是一副极为冷漠的脸色，这才让人反应过来：朝会开始后，司徒还没有表明态度。
显然王允不同意与招抚一事，但他看见众意难违，就说：“此事关系重大，先让我好好思量一番。”言下之意是此事暂且推后。这让参会的朝官有所失望，但转头想：好恶乃是人之常情，司徒既然敢冒生命危险，为国铲除祸患，可见心怀社稷，终究还是会以大局为重的。
但他们料想不到的是，王允一回家中，便又招来自己的亲族与亲信，与他们商议说道：“董卓经略朝堂三载，威行天下，满朝公卿皆受过董卓恩惠，心中真正怀有天下的，可谓寥寥无几了。
如今董卓虽死，可朝中余党却如竹根盘踞，他们如今虽假作投诚，可终究心念董氏，今日便想招抚牛辅，明日又意欲何为呢？一旦牛辅率兵过来，他们必将继续为祸！如今朝廷已下三辅，又有郿坞钱粮在手，已不惧外敌，当务之急还是要消除内患啊！”
一旦司徒除去更多政敌，提拔的还能是谁呢？故而他的幕僚们对此都深为赞同，只有其子王景质疑道：“大人，如今是非常之时，大敌未除，我们还是当以安抚为先啊。正如大人所说，董卓党羽众多，可越是如此，就越容易激起内乱，到那时又用什么抵御凉人呢？还请大人三思啊！”
但王允手捻胡髯，果断地答说：“我连董卓都能诛杀，他的那些党羽，才能不能及董卓十一，又能有何作为？小子多虑了。”
于是定下了先铲除董卓党羽的方针，王允以为，董卓能够驾驭群臣，正是由于他们畏威而不怀德，自己正当暴起立威，令他们不敢再做二想。但从何开始着手呢？这确实让王允头疼了几日，但很快，有人给他送来一个极好的理由。
六月初二，皇甫坚寿向朝廷上书，自陈车骑将军皇甫嵩非是病重，而是两月前为董卓赐死，逼令他不得发丧，如今董卓既除，他向朝廷请求为父亲发丧，并希望朝廷能够赠予父亲一个谥号。
这件事整个长安城都心知肚明，并且都因此惋惜不已，甚至可以说整个长安政变能够成功，也都是因皇甫嵩被董卓赐死，而王允说服吕布兵变的缘由，也正是“皇甫嵩”三