柳河惨败的消息还没有传到北京，熊廷弼已经到了最后的时刻。
对于熊廷弼的死，有人说是因为党争，但事实上当初三法司会审时，只有顾大章为熊廷弼辩护，认为熊廷弼不应和王化贞同罪，其余人都支持熊廷弼和王化贞同罪的，而在参与会审的三法司中，左都御史邹元标是东林党领袖，大理寺卿周应秋当时还不是阉党成员，刑部尚书王纪中立，因此可知熊廷弼被判处死罪，和他在泰昌元年九月，九卿六部会议时被罢免辽东经略是一样的，都是人缘不好、没人为他说话的结果，和东林党、魏忠贤关系不大。
当然，后来嘛，熊廷弼的确与东林党走的比较近，所以同案的王化贞被杀了，他却在东林党的保护下，暂时保住了一段时间的性命；但成也东林党，败也东林党，由于熊廷弼跟东林党走近了，所以，在阉党与东林党的斗争变得激烈后，他自然而然的成为了阉党要拿下来立威的一个目标，只是，这其实也不是熊廷弼最终难逃一死的根本原因。
真正让熊廷弼命丧黄泉的还是天启帝对他的愤怒。
事实上，当初广宁失陷后，天启帝虽然对熊廷弼很是失望，但并未因此重责熊廷弼。
这一点可以从天启帝对熊廷弼和王化贞一人逮捕一人回家候查的处置方式不同，可以看出来的；此后，郭巩和周宗建二人对熊廷弼案的争辩、熊廷弼被弹劾在监狱内外交通（给人逮住了现行），给了天启帝一种熊廷弼积极找人救护脱罪的印象，但这并没有引发天启帝对熊廷弼的愤怒，甚至还认为这是人之常情，毕竟，千古艰难惟一死嘛，是人都有求生欲望的。
然而卖身投靠魏忠贤的冯铨此时向熊廷弼发出了致命一击----因为朱由崧早年给天启帝送小说的缘故，天启帝很喜欢读这种闲书，结果冯铨便拿出来一本《辽东传》给天启帝看，这是一本街头刊物，内容表达了对熊廷弼的同情，但问题天启帝读罢之后，却认为这是熊廷弼自己在给自己脸上贴金，然后裹挟民意倒逼中枢释放自己，这就让天启帝很是生气----天启帝认为熊廷弼此人实在奸巧，便下令处决。
看到内阁奉旨票拟的结果，王体乾觉得不太妥当，便进言天启帝在圣旨中加上了“卿等面奏”之语，把杀熊廷弼的责任推到内阁身上。
就这样，天启五年八月二十五日，圣旨正式颁下，内中诏曰：“八月二十一日······卿等五员（指内阁众人）面献刊行有像辽东传一册······奏曰，此熊廷弼所作，掩饰夸功，希图脱罪，朕亲览之，竖发切齿，此盖熊廷弼奸谋不淂肆行于朝，今又敢以流言煽惑于野，且心怀不轨、辱国丧师、恶贯满盈、罪在不赦······又刻书惑众，情益难容······宜亟加两观之诛庶，大快万民之愤，卿等既拟谕来具见献书，忠恳至意，朕甚嘉焉，卿等可即传示刑部等衙门，着便会官速决了，以为人臣辱国偷生、罔上不忠者之戒，特谕！”
如此一来，熊廷弼就在劫难逃了，当晚根据新入内阁的黄立极“半夜传旨，即能了结”的建议，熊廷弼在留下了“他日倘拊髀，安得起死魄？绝笔叹可惜，一叹天地白”的绝命诗后，被砍下了脑袋。
但这件事还不能让天启帝解气，于是，天启帝又命令传首九边，以为各地文臣武将戒；与此同时，天启帝还下令熊家人立刻离京回乡，不得收敛熊廷弼的尸骨；此外，为了让杨涟一案做的天衣无缝，阉党干将梁梦环蹦出来控告熊廷弼生前曾贪污军资十七万两白银。
而另一位御史刘徽又说熊廷弼家产值百万两银子，应该没收了充作军费。
正为了孙承宗之败而焦头烂额，不知道从哪里筹集重组辽西军队军饷的魏忠贤立刻建议天启帝对熊家进行追赃，但事实上熊廷弼家里是没有那么多钱的----百万两白银，在明末可是一个空前惊人的