在夺取登州之后，孔有德叛军一方面致书余大化，要求以明廷承认其等在山东的割据为条件，实现和平----对此，余大化居然表示愿意以此来息事宁人，只是因为时任山东巡按的王道纯的反对而作罢----另一方面又对黄县实施了攻击。
崇祯五年元月十三日，莱州参将张奇功在率领300弱卒和黄县民夫坚守城池两昼夜后，力竭而败，黄县就此失守，莱州危急。
为了救援莱州，也是为了平灭孔部叛乱，明廷急调杨御蕃、王洪、刘国柱三部驰援莱州。
元月二十八日，杨、王、刘等三名总兵官率5000兵马赶到莱州城下设防，然而此时，叛军已经拥有骑兵5000人、步兵10000人，明军总兵力明显处于劣势状态；好在，叛军兵力虽众，但尚未完成最后的编组，建制混乱，所以，才没有第一时间对劣势明军进行进攻。
元月三十日，与明军对峙两天，并借此进一步完善了部队编组的叛军开始展开进攻，但杨御蕃部守备严谨，叛军进攻了一个白天也未能攻下杨部的阵地，只能转而以2000骑兵围困和牵制杨部，主力转而攻打王洪率领的天津营。
由于叛军本身装备有大量红夷火炮及其他火炮，再加上有兵力上的优势，因此，打到二月初一那天，王洪部天津营便被叛军击败，而后溃散了。
击溃了天津营后，叛军集中火力攻击杨部军阵，杨部坚守到二月初二也挡不住了，于是杨御蕃便果断发起主动反击，一举打乱了叛军的阵脚，这才掩护己部有序的撤回莱州城内，追击杨部的叛军随后赶到，将莱州城团团包围了起来。
并且随着时间的推移，赶到莱州城下的叛军数量越来越多，一度号称有10万之众，当然，这个数字是有水分的----至少在朱由崧的努力之下，东江镇已经比另一时空减少了30000万多辅兵，这就无形中减少了叛军的总数----但比起全部只有4000人的莱州守军来说，还是多了太多的。
所以，立足未稳的叛军，于当年二月初五就迫不及待的对莱州城发起了进攻，当适时，叛军箭矢如蝗、炮子不绝，守城明军被压制的根本无法做出有效还击，只能趁着叛军试图登城、后方压制火力削减的机会，实施反击。
正是靠着这样的沉着冷静，守军才屡次挫败了叛军前锋攻城的企图。
第一次进攻莱州城的失败，给一路骄纵、自诩攻无不克、屡战屡胜的叛军造成了很大的心理冲击，所以，直到二月初九才发动了新的一轮进攻，这一次，叛军似乎窥知莱州城内兵少，所以采取了四面同时围攻的策略，但守军众志成城，还是再一次的打退了叛军的进攻。
叛军无可奈何，只能采取建筑高垒，然后将火炮拖上去与城内明军大炮对射的战术，但杨御蕃以总兵身份亲临一线作战，给予了明军将士极大的激励，因此尽管守军死伤枕籍，还是死战不退，最终再一次击退了叛军的进攻。
叛军无可奈何，只能采取挖掘地道、填满火药、炸垮城墙的战术，所以，接下来的2个多月里，攻守双方围绕地道，展开了惨烈的战斗，双方都有不小的损失。
时间推进至三月二十六日凌晨，叛军终于用火药炸垮了莱州城东北角的城墙，随即，叛军大举突入，与坚守的川兵和湖广兵展开殊死搏斗，叛军当晚三次冲上莱州城头，又三次被赶了回去，双方伤亡战士的尸体几乎擂的跟城墙一样高了，最终，在天亮时分，叛军因为承受不住如此巨大的伤亡，终于放弃了继续进攻，撤出了战斗。
因为三月二十六日的惨重损失，所以叛军不得不放弃了强攻莱州的打算，转而围点打援，优先对付明军援兵。
不过，在当年四月初二的打援战斗中，师老无功、士气低落的叛军却是吃了迎头一棒，包括陈文才等在内的