“臣等叩迎陛下得胜归来！”
明弘光五年三月十日，朱由崧御驾返回南京，是日，以监国太子朱慈焈、内阁首辅马士英为首的群臣，于观音门进行了盛大的陛迎仪式。
“陛下万岁、万万岁！我明军万岁、万万岁！我皇明基业万岁、万万岁！”
在群臣三跪九叩的大礼面前，一路鞍马劳顿的朱由崧淡然的回应道：“免礼平身！”
待一众臣子们站起来后，朱由崧下令道：“摆驾孝陵，朕要向太祖奏报光复直隶一事！”
这是事先安排好的行程，于是一众大臣便步行随着朱由崧的车驾前往八公里外的孝陵。
但八公里的路程，对于四肢不勤的一众文官来说太过漫长了，所以，朱由崧加恩道：“赐随扈百官骑马！”
早有准备的应天府便前来马匹，并安排衙役为百官牵马而行----原本马匹应该是腾骧师这边让出来的，牵马的也应该是腾骧师官兵，但朱由崧不愿意让北伐功臣做牵马坠蹬的奴仆状，所以，一应事务就只能有应天府包办了。
抵达了孝陵后，朱由崧在祭殿内向朱元璋的神主奉献了包括爱新觉罗·博洛在内三百多枚满蒙王公大臣的首级，籍此宣告自己建立了比类明初北伐驱逐蒙元的功业。
等拜祭为孝陵，朱由崧返回南京紫禁城，然后登上承天门城楼，举行了一场面对南都百姓的献俘礼----原本平民不能通行的左右长安门打开了，数千名精心挑选的南京市民在外五龙桥南排列整齐，然后亲眼目睹了爱新觉罗·满达海等被俘满清王公大臣像牲口一样被牵到了承天门前跪拜，随即武骧师等部参与检阅部队，又依次向朱由崧奉上了缴获的各种旗帜、甲胄、武器、印玺等物件，却是让一众观礼百姓看到眉飞色舞。
完成献俘礼后，朱由崧又于太庙献捷，然后又祭拜了社稷坛，并派遣礼臣代自己前往天坛向上天禀告自己完成规复故土的伟业，这才宣告一整套的流程完成。
回到乾清宫，只见皇后黄氏率领一众宫妃跪在台阶上：“臣妾等恭迎陛下得胜还朝！”
而太子朱慈焈等皇子也各自带着妻子跪在宫妃的后面：“儿臣等恭迎父皇得胜还朝！”
看着妻儿们，朱由崧脸上露出了喜悦的笑容：“都起来吧，许久不见，朕想你们了······”
与妻儿欢聚两日后，朱由崧召开朝会。
朝会伊始，兵部首先做了当前军事局面的报告，系统的阐释二期北伐以来收复的各处国土，并就未来如何收复陕西、彻底消灭李自成匪军做了初步的说明！
兵部说完后，吏部就新光复区的官员任命、部分军功将士的晋爵做了介绍。
户部则在稍后就接下来如何对光复区的救抚工作进行了说明，并且还就朱由崧提出的迁移南方无地百姓移居北方的旨意的落实进行了工作汇报。
在户部之后，礼部报告了该部奉旨派遣考官于光复区进行特别乡试的具体安排。
最后，刑部和大理寺又就大赦范围及今后刑徒流放地位置的改变进行了情况说明。
虽然其他部门并无特别要紧的事务，非得在今天汇报，但光兵、吏、户、礼、刑、大理寺等单位的报告就几乎用去了整整一个上午的时间。
午膳后，朱由崧召集内阁大学士、司礼监秉笔、六部尚书、六部侍郎及六科都给事中进行了一场小规模的会议。
在这场会议上，朱由崧正式提出了对大明行政机构进行改革的设想！
对于朱由崧改动大明行政机构的设想，吏科都给事中王灿成出列进言道：“陛下，《韩非子·解老》中说到:烹小鲜而数挠之，则贼其泽；治大国而数变法，则民苦之。是以有道之君贵静，不重变法。”
朱由崧身边的司礼