相公叔如此不敬，心想若是当真娶了她，岂非要给自己找罪受？而公主金枝玉叶，又打不得骂不得——这后半辈子岂非毁在这女人手里？于是隔日便入宫向武侯推掉了婚事。武侯以为吴起早有去意，于是态度大转，不再信任吴起。吴起的建议无法被武侯采纳，知道自己已经失去了武侯的信任，又怕此后惹祸上身，于是离开魏国，南下入楚。
名满天下的吴起很快得到了胸怀大志的楚悼王的赏识，官拜楚国令尹，主持改革。楚国地处南方，无论是文化习俗，还是政治制度，与中原各国都迥然有异。所谓“令尹”，即是楚国的
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最高官职，上佐国君，下统百官，内摄朝政，外掌兵马，相当于别国之丞相。由于位高权重，干系重大，所以令尹一职一般由楚国宗亲，如芈氏、熊氏等族来担任。吴起这个“外人”能够出任令尹一职，从中可以看出楚悼王对吴起的信任和他有志改革的决心。
楚国沃野千里，地广民众，吴起的改革主要是针对无所作为的贵族阶级。这些贵族寸功未立，只是靠着出身高贵而窃居官位，整日又游手好闲，纵情酒色，搞得楚国上下一片乌烟瘴气。这还不算，他们一日在职，朝廷就要大笔花销以维持他们的俸禄，再也拿不出财货来充实府库，招募兵马和训练军队；而且有抱负、有才华的士人上进的道路也会给他们挡着，无法一展胸中所学，所以造成楚国的人才严重流失。
本来，吴起一个外人，要向根深蒂固、枝繁叶茂的本土贵族势力开刀，说起来有点像天方夜谭。不过有了楚悼王的大力支持，尽管那些贵族们怨声载道地反对吴起，改革还是能够顺利地进行。
不出几年，楚国在吴起的改革下立时焕然一新：朝纲森严，全国上下依法而行，将士用命，虎虎生风。有这样强悍战斗力的军队，若不能在战场上一展雄风，实在是可惜。所以，几年之内，楚国“南平百越；北并陈蔡，却三晋；西伐秦。诸侯患楚之强。”这时吴起的地位也日渐巩固。
可是又过了几年，形势忽然逆转：楚悼王驾崩升天了！这对吴起来说无疑是一个噩耗，因为他此后再也不能像以前那样得到楚悼王有力的支持，更不妙的是，他一心公务，拙于谋私，早已将楚国上上下下的贵族得罪了一个遍，现在这些人一个个咬牙切齿，恨不得将吴起碎尸万段。就在为楚悼王出殡那天，这些宗亲贵族终于起兵，要置吴起于死地。吴起自知必无幸理，索性跑到楚悼王停灵的地方，纵身一跃，扑到悼王的身上，狞笑道：“今日我吴起不会白死，你们都要给我殉葬！”说罢即被乱箭射死。可是射死吴起的箭，也同时毁坏了楚悼王的尸身，这是以下犯上的大不敬之罪。
不久，太子即位，是为楚肃王。他下令将射杀吴起、有份毁坏先王遗体的人全部抓捕处死。就这样，70余户人家做了吴起的殉葬品。
太史公司马迁这样评价吴起：“能行之者未必能言，能言之者未必能行。吴起说武侯以形势不如德，然行之于楚，以刻暴少恩亡其躯。悲夫！”
分处于不同的局势之中，自然会有不同的判断和行动，即俗语所谓“到什么山唱什么歌”。吴起在魏国时，借题发挥地教训魏武侯，说得不可谓不精彩、不深刻。可是他到了楚国之后，情况都已经完全变了。三晋之地，由于地处北方，时常受到戎狄的冲击，所以向来的政策都是强军以立国，故而封建制和礼法制给破坏得早一些、深刻一些，也就早有靠近法家的传统——军队中若无说一不二的军法，如何能够令行禁止，有如何能够集结为一团强大的战斗力？而楚国则不一样，那里物产丰富，从来不愁吃穿，而且又不须时时刻刻面临戎狄扰边的威胁，所以生活安逸，又崇尚巫风淫祀，浪漫而奔放，所以其改革的动力实在不足，若非出了楚悼王这样一个有心争霸天下的君