秦王本就恼怒嫪毐设计害死成蛟，此刻又率军反叛，气愤异常！变命昌文君韩启从严审判嫪毐。韩启知道这是一个烫手的山芋，本想明哲保身，推脱不了解案情，恐难以胜任，不想却遭到了秦王严厉的训斥，见识了亲政的秦王的气魄，韩启不敢再推脱，只得硬着头皮接手审判的事。
此时嫪毐虽然是俎上之肉，但是吕不韦却无法高兴起来。
吕不韦的长子在叛乱中被乱军杀死，房屋全毁，吕府也一片狼藉；如今嫪毐又被活捉，对嫪毐的审判难免会引出自己，这也是他最不愿意看到的。
从心底来说吕不韦并不希望嫪毐武力反叛，他本来的计划是依靠秦王一点点削减嫪毐手中的实权，若嫪毐武力叛乱，无论输赢都是两败俱伤。本来是他吕不韦最希望嫪毐倒台，但现在秦王要审判嫪毐了，吕不韦却害怕起来，他和他的门客都选择了沉默，始终没有告发一件事情。
御史们却不会闲着，先是告发嫪毐目无法纪，擅自僭越礼仪，结党营私，后来又揭露嫪毐与赵太后私通的丑事，包括两个私生子也被找出来送到秦王面前。秦王大怒，当众赐死了嫪毐的两个私生子！赵太后虽然苦苦哀求，秦王仍然没有收回成命。
随着案情审判的深入，韩启得知嫪毐进宫本是吕不韦一手策划，吕不韦这么做当然不可能仅仅是为了讨赵太后欢心，这样讨好的风险太大，极有可能是赵太后指使吕不韦所为。想通这一点，韩启明白为什么吕不韦自始至终保持沉默了。
但是即使知道了真相，这仍然是一桩棘手的案子，要不要对吕不韦判刑，如何判，韩启都无法做主，他私下报告给秦王。
秦王问李斯，该如何审判吕不韦，李斯道：“从法的角度来讲，吕不韦是奉太后之命行事，虽所行之事有不当的地方，却也不能说他是错的，以此治罪恐难以服众。此外，如果此时加罪就更加彰显了太后的过失。”
“那依先生之言是赦免了？”
“不然，吕不韦身为相国，嫪毐发动兵变，他却不能提前查知，此罪一也；兵变发生后，他没有及时处置，直至惊扰王上才发兵平叛，此罪二也！”
“寡人本以为先生曾做过吕不韦的门客就会为他开脱，没想到先生竟如此以社稷为重！实在是大秦之福啊！”秦王对李斯越来越满意，亲政后正是用人之际，秦王想趁机提拔他。
“大王谬赞了，我一心都是为大王着想，罢黜吕不韦实乃为大王亲政扫平道路，吕不韦在朝十余年，朝堂官吏不委身于嫪毐，就委身于吕不韦，如今嫪毐势力已被铲除，吕不韦的势力也不应该继续存在下去了。”李斯心中明白，若要自己出人头地，就必须把吕不韦赶出朝廷，一山不容二虎！这是等了多少年才等来的机会，怎么能轻易放弃。
秦王同意李斯的建议，但是他也明白，自己刚刚亲政，根基不稳，吕不韦树大根深，立刻处置吕不韦可能引起动荡，因此只是在朝会上斥责了吕不韦不能明察秋毫，防患未然，导致嫪毐叛乱的发生。
然而仅仅是斥责，便有很多人为吕不韦奔走，到秦王宫中为其说情，道相国实是有功之人，不该被训斥。前来说情的人越多，秦王对吕不韦的戒心就越重，现在足以看出吕不韦的权势有多大。秦王暗暗心惊，但表面上仍然不动声色，冷冷的看着吕不韦和他门客的表演。
嫪毐的案情查清以后，秦王下令车裂嫪毐，灭其三族！参与叛乱的卫尉竭、内史肆、佐弋竭、中大夫令齐等二十人也全部被处死，他们的首级被悬挂在咸阳城门上；嫪毐的门客，根据罪责轻重分别判刑，削除爵位迁徙蜀地的有四千多家，这个月天寒地冻，被冻死的不计其数。
对于赵太后的处置一直拖了三个月。作为秦王的生母，又是辅政的太后，她的所作所为让秦王最是恼火，可以说嫪毐