百中教最近一任教主，也就是当年察觉出元扬他们蜀山人行动的那位，是个女子，姓“苗”名“不燕”，其父也是百中教的上一任教主，唤作“苗一雄”。教主座下有“双祭”，也就是左右两位祭祀，是教主的左右手，分别执掌最高规格的盅和降，再下面则是分布着“五寨”，乃是“鸟、蛇、鱼、蛛、虫”，用每一寨的信仰图腾划分，这五寨的子民是构成百中教的主要成员，其中的寨主和寨佬皆是百中教的核心部分，除了族长位高权重以外，每寨还分别派出了两位德高望重的寨佬和左右祭祀这十二人组成了对教主忠心的队伍，平日里每个寨子有充分自主的权利，但是大事要听从教主统一指挥，日常的重要事务都是由教主和寨主进行协商，再由左右祭祀传达下去，十位寨佬训练了一批年轻人听从教主指令，他们称为“教行”，监视各寨的执行情况，发现违规者进行处罚，但是寨主除外，寨主违反教规必须由教主亲自界定，这就是百中教的构成。
但是这种规矩到了苗一雄的手里得到了改变，前面提到过，百中教的历史不算长，只有五百余年，当初第一代教主设立百中教的时候设立了“教行”这一类人是为了团结手下众族人抵抗汉人的入侵，所以没有给他们私自废立各寨寨主的权利。苗一雄执掌大位以来，这一切都改变了，此人在历史上是一个争议很大的人物，他执掌的前半段时间正好是元朝的建立，元朝不是汉人的王朝，是蒙古人建立的，南疆人排汉，但是不排蒙，所以他大开通商之门，和蒙古人进行了大规模通商和交往，使得民生民计都有了大幅度的提升，百业兴盛，后来两朝战争爆发，苗一雄却拒绝了明军多次邀请，不仅继续排汉，而且坚持对元朝交好，这使得很多元朝势力得以在南疆发展，这就是为什么当初昆仑的“六蝶花”还有元扬他们要孤军深入南疆腹地去铲除元蒙势力的原因了。
但是这一举措在当时引起了内部五大寨主的强烈不满，有部分寨主看出了中原形势，发觉元蒙势力节节败退，和明军交好势在必行，于是就谏言百中教要倒戈站在明军一方，这让苗一雄十分不满，于是采用了各种手段打压甚至铲除这一类有倒向明军汉人的势力，同时力排众议，让“教行”拥有了监视、处罚寨主的权利，一度让内部局势趋于紧张。
在后来的十年里，朱元璋消灭了其他军阀，专心和元蒙决一死战的时候，苗一雄又大张旗鼓的支援元蒙，这一举措彻底激怒了教中的多为元老，这些人中有寨主，有各寨的寨佬等人，他们认为苗一雄的举措严重违反了当年百中教先人定下的“两不相帮、彻底自立”的规矩，不帮明军也就算了，竟然还私自放任了一些蒙古势力进入南疆肆意妄为，导致了明军也不断派遣人马暗自来南疆和元蒙交火，如此一来将彻底的把中原战火引到南疆来，于是引发了第一次内讧，苗一雄竟然离奇死亡，傻子都知道他是被暗杀的，他的尸体最后被发现在后山上，教主横死让百中教一下跌入低谷，那时候元、明双方对南疆都虎视眈眈，相逼甚紧，要求百中教站在自己的阵营中，失去了教主面对这种复杂局面肯定是不行的，但是谁来当这个教主也很头疼，教内数次商讨互相谁也不服谁，都没有结果，元、明双方步步紧逼，最后无奈，只好让苗一雄的女儿苗不燕继任了教主。
苗不燕上台之后，面临复杂的形势颁布的新政第一件事就是收拾教众，让曾经为苗一雄死亡而引起混乱的五大寨和教行全部收拢，坚持祖上两不相帮的规矩，谁都不帮，并且严令元明双方“擅自踏入南疆者死”的命令，这让百中教内部紧张的形势又稍微缓和了一阵，因为中原的战火又重新远离了这里。
明朝建立以后，元蒙彻底退出历史舞台，朱元璋让人多次来南疆招安，多次协商之下，苗不燕答应归于大明，这一举措又引起了教内的部分人的不满，他们认为排汉