』，这种请求鬼神保佑的迷信思想，犀利地指出其结果只能『束手受败』。
当时荆州疫病流行，民众乡亲伤亡甚重。不但得病者众，而且痊愈机率甚低，对学医的张机来说不啻为医术之路的动力。大约在一九六年—二O四年，不到十年时间，由于瘟疫病流行，张机家族二百多人死了三分之二，其中患伤寒病而死的占十分之七。因此，他把重点放在传染病的研治上。他总结前代医学的理论和经验，结合自己的临床实践，写成了医学巨著《伤寒杂病论》十六卷，对病理，诊断，治疗以及用药，都作了比较详细的论述，是一部比较完整的中医学著作。后来流传下来的是经过晋代医学家王叔和编辑整理的《伤寒论》和《金匮要略》两种。
张机毅然辞去官职，专攻医术，决心要制服瘟疫。他『勤求古训，博采众方』继承了历史上汉代以前的医学成果，更曾密集走访洛阳、河南、湖北、四川一带收集民间治病的方式整理成册，并收集病理的数据，加以归类和分析。将他所收集分析的民间验方，结合自己的临床经验，反复总结和提高，并刻苦攻读《素问》、《灵枢》、《八十一难》、《阴阳大论》、《胎胪药录》等古代医书，继承《内经》等古典医籍的基本理论，在建安十五年着成《伤寒杂病论》十六卷。
该书原本散佚，经后世医家搜集整理，分成现在流行的《伤寒论》和《金匮要略》二书。该书属于临证医学实用技术范畴的名著。
张机在该书中创用六经论伤寒，以脏腑论杂病，继承前人关于“辨证论治”思想的基础上，创立了一整套辨证施治的原则，并取『医经家』、『经方家』两家之长，熔为一炉，根据《素问。热论》六经分证的基本理论，创造性地把外感疾病错综复杂的证候及其演变加以总结，提出了较为完整的六经辨证体系，还把《内经》以来的脏腑、经络和病因等学说，以及诊断、治疗等方面的知识有机地联系在一起，并运用了汗、吐、下、和、温、清、消、补等等治疗方法及各个方剂和具体药物的选择使用，对于外感热病的产生、发展和辨证论治提出了切合实际的辨证纲领和具体的治疗措施。
在各科杂病方面，张机从整体观念出发，根据脏腑经络学说，运用朴素的表述方法，对疾病的病因、发病和每一种病的理法方药都有详略不同的论述，提出了根据脏腑经络病机和四诊八纲进行病与证相结合的辨证方法。他对杂病偏重于个别疾病的研究，有利于深化人们对许多疾病的认识，具有十分明显的优越性，对后世中医病因学说和方剂学的发展产生影响。
此外并发展了病因病机学说。『千般灾难，不越三条：一者，经络受邪入脏腑，为内所因也﹔二者，四肢九窍，血脉相传，壅塞不通，为外皮肤所中也﹔三者，房室、金刃、虫兽所伤。以此详之，病由都尽。』将复杂的病因概括为三大类，并阐述了三类不同的病因与杂病发生的关系，这可称为中医学中最早的比较明确的病因学说，即后世所谓的三因致病说。关于疾病的发生，张机认为是否发病取决于人体正气的盛衰，强调了正气为本、邪气为标的科学观点。
张机临证处方，法度严谨，在因证立法，以法统方，随证加减等方面积累了丰富的经验，包含了许多重要的组方原则，因而被后世尊为方剂学的鼻祖，《仲景方》亦被称为《众方之祖》。在《伤寒论》中载方一百一十三首，用药品种八十七种，《金匮要略》中载方二百六十二首，所用药物达一百一十六种。《仲景方》经过长期临床实践验证，疗效显著，至今仍为国内外医家广泛应用，其中有些方剂还照原方制成了成药。足见对方剂学的贡献亦甚为深远。
张仲景在医学上重要的贡献，是他发明了用人工呼吸急救病人，用这种方法抢救了不少危在旦夕的病人，成为世界上最早独