科、军法科、通讯科等部门。首长称参旗长，首任参谋长为冯可钦。
军政处下设人事科、宣传科、教育科、纪检科等部门。最高首长称主任，杨烜兼任军政处主任。
后勤处下设军需科、军械科、弹药科等部门。首长称处长，副团长薛昊兼任后勤处长。
华夏传统军队大多在部队之外设营务处、粮台两大机关。营务处相当于部队参谋机关，粮台相当于后勤机关，负责为部队供应粮饷。
黑旗军的司令部额外增加一个人事机关，把指挥、人事、后勤机关统归在一起，以便最大限度地提高效率。
司令部以下，有营、连、排、班四级编制。其中，班有十人，由班长统之。排有三十人，由排长统之。连有一百二十人，由连长统之。营有五百人，由营长统之。
大致上，每级部队下辖三个主力分队。譬如，一个步兵团下辖三个步兵营，一营下辖三连，一连下辖三班。
班为最低一级编制单位。班长由士兵担任，称士官。排长以上始为军官。
黑旗军暂编一个步兵团，下辖近卫连、骑兵连、火器营、工兵连、一营、二营、三营、水营，另有斥候、军医等少量直属部队。
为了安抚各种派系的人，为了避免人心波动，杨烜煞费苦心，精心安排人事。
近卫连负责保卫司令部，职责重要，由杨烜的亲兵徐作新担任连长。
杨烜亲自兼任火器营营长，部属从各部精挑细选而来。副营长名叫周锦年，原是至臻堂里的“先锋”。周锦年懂铸炮，参加过鸦片战争，当过民团炮手，为人颇有胆识。
一营营长为杨田，部属主要为两百个老弱至臻堂“草鞋”、三水县新兵。一营算是杨烜嫡系部队，虽然人多，不是新兵就是老弱病残。
杨烜不像殷正那样厚此薄彼。他把弱兵安排为自己的嫡系，颇能显出他的大度，使他更得人心。
二营营长为刘旻虎，部属主要是两百个至臻堂精锐。
三营营长为张运贤，部属主要是三百个至臻堂“草鞋”。这部分至臻堂会众既非精锐，也非老弱。
张运贤本是殷正的心腹。他能得到杨烜重用，出任三营营长，颇令众人惊异。杨烜希望籍此维护至臻堂的团结，张运贤也对他感恩戴德。
水营营长为苏三娘，共有两百多人，大多为三水县的船夫，另有战船二十二艘，运输船十一艘。
南方水系发达，水营至关重要。苏三娘并非船夫出身，对水上作战并不熟悉，却与船夫们彼此熟悉、关系密切。
杨烜麾下缺少水营人才，只得让苏三娘暂时担任水营主官。按照杨烜的指示，苏三娘把水营分为战斗支队、运输支队两个分队，分别负责水上作战、水上运输。
黑旗军不养闲人，每个人都是军人。所有人不问出身，不管是新兵、至臻堂会众、还是俘虏，全部编入各支部队。
经过连日忙乱，司令部终于敲定了各部队的编制、人事安排。杨烜看过之后，总体感到满意，当晚便迫不及待地召集连以上军官，召开第一次军官大会。
两排火把将陈家堡祠堂照得亮如白昼。
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祠堂上首摆了三张椅子，中间坐着杨烜，左右两边分别坐着冯可钦和薛昊。
台下，各部军官按照编制序列，盘腿而坐。
杨烜见此心喜。在至臻堂时，大家总是以兄弟相称，散漫没有纪律。遇到集会，会场内总是熙熙攘攘的，会众坐得东倒西歪，像是乡下演戏一样。
再看台下这些军官，虽然有不少生面孔，却个个精神抖擞，朝气蓬勃。
一切都开了个好头。
司令部参谋毛人杰开始点名。军官们士气很高，都想给