贵县木梓墟本是一处不大的商镇，位于武思江下游，广西浔州府、广东廉州府交界处。两省交界的地方，官府统治往往比较薄弱。黑旗军选择在木梓墟驻营休整，起先并未引起官府的注意。
和广西其他商镇一样，木梓墟的商业多由来人垄断。去年贵县大墟地区发生来土大械斗，木梓墟虽然远离大墟，当地来人也都人心惶惶。
冯可钦率领黑旗军来到木梓墟，对外宣称是械斗中战败的来人，受到当地来人欢迎。官府正忙着镇压太平军，只派了少量团练前往木梓墟，监视冯可钦部黑旗军。
冯可钦麾下有一千八百多名黑旗军、四千多名来人新兵，得以从容不迫地训练新兵、编练部队。
杨烜、罗大纲、石达开三部人马携手抵达木梓墟，与冯可钦会回。此时的黑旗军人马已经接近一万五千人，杨烜立马开始大刀阔斧地整编部队。
其要点有：
一、扩大编制。
黑旗军由陆师、水师组成，均为师级单位。
陆师人马有一万一千人，编为步兵一团、步兵二团、步兵三团、步兵四团，另设炮兵营、骑兵营、侦察营、工兵营、辎重营、警卫连、通信连等直属部队。
陆师首长称司令，冯可钦为司令，陈虹为参谋长。陈虹原为黑旗军二营长，在三个营长中能力最强，战功最大。
步兵团是陆师的主力部队，可以单独执行任务。步兵一团团长为杨田，二团团长为毛人杰，三团团长为张运贤，四团团长为石达开。
大致上，一、二、三团由原先的步兵一营、二营、三营扩编而成。二营长陈虹升任陆师参谋长，二团团长改由侦察科长毛人杰担任。四团则为新成立的部队，由石达开担任团长。
水师以罗大纲为司令，陆雨晨为参谋长。
水师下设三个支队：一支队主水战，支队长为张墨；二支队主登陆作战，支队长为陆顺德；三支队主水上运输，支队长为黄涛。
二支队原支队长苏三娘改为负责管理黑旗军家眷，支队长之职由陆顺德继任。陆顺德追随罗大纲多年，是罗大纲的心腹爱将。
二、完善指挥系统。
司令部制度是黑旗军的独创，也是黑旗军战斗力提升的重要保证。
华夏传统，部队通常设置营务处、粮台。黑旗军司令部的参谋处、后勤处便类似于营务处、粮台，相当于参谋机关、后勤机关，一个负责指挥打仗，一个负责后勤补给。
为保证军队领导权的集中统一，杨烜在参谋机关、后勤机关之外，增设一个军政机关，称之为军政处。军政处主要担负宣传、教育、监察、人事、奖惩、防奸、保密等职能。
黑旗军在师、团两级设立司令部，下辖参谋处、军政处、后勤处三大机关。陆师、水师以上，设立总司令部，下设参谋部、军政部、后勤部三大机关。
总司令部是黑旗军的最高领导机关，首长称总司令。毋庸置疑，杨烜为总司令，薛昊仍为副总司令。陆师司令冯可钦兼任参谋部部长，杨烜兼任军政部部长，薛昊兼任后勤部部长。
参谋部堪称是总司令部的核心部门，下设作战处、侦察处、测绘处、火力处、通信处、机要处等下属部门。
军政部排序在参谋部之后，下设人事处、敌工处、纪检处、保卫处等部门。敌工处顾名思义，主管对敌工作，包括处置俘虏、策反敌人、情报获取等。
军政部敌工处与参谋部侦察处工作职能上存在重叠，这也是杨烜有意为之。搞情报工作，权力容易失控，进而反噬母体，故而需要分权。
另外，情报工作极其重要，惹有疏忽，关乎战局成败。同时设置侦察处、敌工处，可以形成某种程度的竞争、查漏补缺，完善情报工作。