就几乎限于失控状态。阿古柏匪帮在新疆实行严酷的宗教法，逼迫所有民族入教，征收重税，民怨沸腾。以徐学功为代表的一大批汉人民团，团结当地满人、鄂伦春等心向满清的民族，在险要之地结寨自保，开辟土地割据求活。而阿古柏则对这些民团紧追不舍，屡经血战，新疆的汉人和汉化民族，几乎被仇杀一空。
而英国和俄国则争先拉拢阿古柏政权，以图在中亚地区争霸中占得先机。
1868年，英国派遣特使会晤阿古柏，承认其政权，次年，阿古柏也派亲信米尔扎·沙迪赴印度会见英国总督，争取英国支持。英国决定向其赠送大批军火，并允许其在印度招募工匠回喀什设立军工厂。1870年，俄国也派人前往喀什会晤阿古柏，承认其政权。
英国的目的很简单，他没有力量跟沙俄在陆地上争霸，所以打算培植傀儡抵御沙俄南下威胁印度，保卫印度，始终是本世纪英国最大的外交方针之一。为此英国不断的游说清政府承认阿古柏政权，换取阿古柏名义上向满清臣服。
可阿古柏则跑到了土耳其得到了奥斯曼帝国哈里发的册封，成为回教教法中合法的新疆埃米尔。
沙俄则坐视汉人民团和阿古柏匪帮相互仇杀，伺机而动。同时不断的诱惑清政府，表示愿意以在新疆跟清政府合作对抗阿古柏，换取清政府准许他们向渤海扩张的行为。
可清政府既不愿意承认阿古柏，给阿古柏册封，也不愿意让沙俄将铁路修到天津或者葫芦岛，因此新疆的问题就一直僵着。
直到左宗棠与北伐的汪海洋部激战两年后，由李鸿章将其换防，之后鲍超进入云南打击杜文秀叛乱，左宗棠则进入陕西剿灭白彦虎叛乱。
历经数年终于将叛匪主力歼灭，余部逃亡新疆，左宗棠认为新疆局势已经到了刻不容缓的地步了。
但此时清朝财政已经岌岌可危，到处都是窟窿，左宗棠进兵新疆，又会是一笔极为庞大的开支，清政府承担不起。
无钱、无粮的左宗棠，就只能想办法自筹，甚至在山西饥荒饿死人期间，左宗棠还在向山西讨要军饷，山西巡抚凑不够，他还上书弹劾，可见左宗棠已经困难到什么程度了。
大明铁路公司许诺钱粮支持，左宗棠也顾不得脸面了，更何况他本来就认为铁路的修建对他进兵有重大意义，而清政府无力也无技修建，那何不让大明延伸铁路线，一举两得呢。
所以左宗棠就上了这么个折子，谁想到引起保守派的一致围攻，似乎要将这么多年的恐慌和憋闷都一股脑的倾泻到左宗棠头上。